A principios de 1994, como consecuencia del levantamiento armado en Chiapas, se genera una nueva ola de militarización en el estado: instalan varios retenes de la Policía Judicial Estatal y Federal en búsqueda de células guerrilleras, así como sobrevuelo de helicópteros. El CG500ARI organiza marchas de apoyo al Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN).

28 de septiembre de 1994: asesinan al ex-gobernador José Francisco Ruiz Massieu.

Los esfuerzos de organización del movimiento indígena en el estado han sufrido múltiples obstáculos en el camino. En 1994, el padre Mario Campos Hernández, vinculado a lo que será la Policía Comunitaria, es atacado en un camino del rumbo. El Ministerio Público determina que se trataba de «una banda que atacaba en los caminos», pero la gente de la comunidad afirma que ha sido el mismo Comisariado de Santa Cruz del Rincón el que pagó a los «asaltantes«.