1º de enero: En la tercera Declaración de la Selva Lacandona, el EZLN propone a la sociedad civil la formación de un Movimiento para la Liberación Nacional.

Mediados de enero: Encuentro entre la Comandancia general zapatista y el entonces Secretario de Gobernación, Esteban Moctezuma Barragán.

9 de febrero: El gobierno revela la supuesta identidad del subcomandante Marcos y ordena la detención de los líderes zapatistas. Más de 20.000 campesinos huyen a las montañas por temor al Ejército. Se establece una fuerte presencia militar en toda la zona del conflicto. En México DF, miles de personas manifiestan su oposición a la ofensiva militar.

11 de marzo: El Congreso de la Unión aprueba la ley para el Diálogo, la Conciliación y la Paz Digna en Chiapas. La ley define un marco para retomar el proceso de paz, y, por el tiempo que dure el diálogo, suspender los ordenes de aprehensión y los operativos militares en contra de los zapatistas. Se crea la Comisión de Concordia y Pacificación (COCOPA) integrada por legisladores de todos los partidos políticos representados en el Congreso, con el objetivo de facilitar este nuevo diálogo.

9 de abril: Se realiza un primer encuentro entre los zapatistas, la CONAI y la delegación gubernamental en el ejido de San Miguel, municipio de Ocosingo. La negociación se prolongará durante meses, con múltiples interrupciones, en un poblado de Los Altos de Chiapas, San Andrés Larráinzar, que los zapatistas rebautizaron con el nombre de Sacamch’en de los Pobres. Las negociaciones debían realizarse en seis mesas de trabajo:

• Mesa 1: Derechos y Culturas Indígenas,
• Mesa 2: Democracia y Justicia,
• Mesa 3: Bienestar y Desarrollo,
• Mesa 4: Conciliación en Chiapas,
• Mesa 5: Derechos de la Mujer, Mesa 6: Cese de hostilidades.

27 de agosto-3 de septiembre: El EZLN lanza una consulta nacional e internacional para definir el destino de su lucha. Más de un millón de personas responden, la mayoría apoyando la transformación del EZLN en una fuerza política de nuevo tipo.