En enero, se realiza una reunión entre la Comandancia general zapatista y el entonces Secretario de Gobernación, Esteban Moctezuma Barragán. Se fija la fecha de la siguiente reunión: el 9 de febrero.

En lugar de los representantes gubernamentales, llega el ejército mexicano en una amplia ofensiva militar. Sin embargo, no logran encontrar a los altos mandos zapatistas que pretendían arrestar. Para algunos, eso es un error de cálculo por parte del gobierno al seguir considerando al EZLN como un movimiento de indígenas manipulados y que desaparecería al descabezarlo. Los zapatistas no responden a la provocación. Sin embargo, el ejército mexicano logra instalarse en un gran número de comunidades.

En marzo, el Congreso aprueba la «Ley para el Diálogo, la Conciliación y la Paz Digna en Chiapas». Dicho texto plantea la reanudación de los diálogos de paz, la suspensión de los operativos militares en contra del EZLN y la suspensión de las ordenes de aprensión lanzadas en contra de sus supuestos líderes. Una Comisión integrada por legisladores de todos los partidos representados en el Congreso, la COCOPA (Comisión de Concordia y Pacificación) es conformada para facilitar las negociaciones.

Se realiza un primer encuentro entre los zapatistas, la CONAI y la delegación gubernamental en el ejido de San Miguel, municipio de Ocosingo. La negociación se prolongará durante meses, con múltiples interrupciones, en un poblado de Los Altos de Chiapas, San Andrés Larráinzar, que los zapatistas rebautizaron con el nombre de Sacamch’en de los Pobres. Las negociaciones debían realizarse en seis mesas de trabajo: Mesa 1: Derechos y Culturas Indígenas, Mesa 2: Democracia y Justicia, Mesa 3: Bienestar y Desarrollo, Mesa 4: Conciliación en Chiapas, Mesa 5: Derechos de la Mujer, Mesa 6: Cese de hostilidades.

En agosto y septiembre, el EZLN lanza una consulta nacional e internacional para definir el destino de su lucha. Más de un millón de personas responden, la mayoría apoyando la transformación del EZLN en una fuerza política de nuevo tipo. Desde los primeros días que siguieron el alzamiento, los zapatistas han empezado un diálogo abierto con la sociedad civil a todos los niveles, lo cual ha sido y sigue siendo una de sus mayores fortalezas y protección.