Im Januar wird ein Treffen zwischen der mexikanischen Regierung und der EZLN und der gerade entstandenen Nationalen Vermittlungskommission CONAI (angeführt vom Bischof Samuel Ruiz) einberaumt. Das Datum für das nächste Treffen wird auf den 9. Februar festgelegt.

Anstelle der Vertreter der Regierung kommt die mexikanische Armee und beginnt eine grosse militärische Offensive. Trotzdem gelingt es ihr nicht, die obersten Führer der Zapatisten zu finden und festzunehmen. Aber in vielen Gemeinden werden Militärlager eingerichtet.

Im März verabschiedet der Bundeskongress das „Gesetz für die Verhandlungen, die Versöhnung und den würdigen Frieden in Chiapas“. Dieser Text schlägt eine Wiederaufnahme der Friedensgespräche, die Aufhebung der militärischen Operation gegen die EZLN und die Aufhebung der Haftbefehle gegen die mutmasslichen Führer der Zapatisten vor. Eine Kommission, bestehend aus Abgeordneten aller im Kongress vertretenen Parteien, die COCOPA (Komision der Eintracht und Befriedung) wird gegründet, um die Verhandlungen zu leiten.

Die Zapatisten, die CONAI und die Delegation der Regierung versammeln sich zuerst in San Miguel, Ocosingo, um sich über die Modalitäten des Dialogs zu verständigen. Die Parteien einigen sich auf einen Verhandlungsort (San Andrés Larrainzar im Hochland von Chiapas) und auf die zu bearbeitenden Themen :

1. Indigene Rechte und Kultur,
2. Demokratie und Gerechtigkeit,
3. Wohlstand und Entwicklung,
4. Versöhnung in Chiapas,
5. Rechte der Frauen,
6. Beendigung der Feindseeligkeiten

Im August startet die EZLN eine nationale und internationale Volksbefragung, um die Richtung ihres Kampfes festzulegen. Mehr als eine Million Personen antworten. Die meisten unterstützen eine Transformation der EZLN in eine politische Kraft neuen Typs.