En janvier, une réunion entre le commandement général zapatiste et le Ministre de l’Intérieur, Esteban Moctezuma Barragán est organisée. On décide la date de la réunion suivante : ce sera le 9 février.

Au lieu des représentants du gouvernement, c’est l’armée mexicaine qui se présente et lance une vaste offensive militaire. Cependant elle ne réussit pas à capturer les dirigeants zapatistes qu’elle prétendait arrêter. Pour certains, ceci constitue une erreur de calcul de la part du gouvernement qui continue de considérer l’EZLN comme un mouvement d’indigènes manipulés qui disparaîtra une fois décapité. Les zapatistes ne répondent pas à la provocation. Cependant, l’armée mexicaine parvient à s’installer dans un grand nombre de communautés.

En mars, le Congrès approuve la « Loi pour le Dialogue, la Conciliation et la Paix digne au Chiapas ». Ce texte instaure la reprise des dialogues de paix, la suspension des opérations militaires contre l’EZLN et la suspension des mandats d’arrêts lancés contre ses supposés dirigeants. Une commission composée de législateurs de tous les partis politiques représentés au Congrès, la COCOPA (Commission de Concorde et de Pacification) est constituée pour faciliter les négociations.

Une première rencontre a lieu entre les zapatistes, la CONAI et la délégation du gouvernement à San Miguel, municipalité d’Ocosingo. La négociation se prolongera pendant plusieurs mois en dépit de multiples interruptions dans un village des Hauts-Plateaux du Chiapas, San Andrés Larráinzar, que les zapatistes ont rebaptisé Sacamch’en des Pauvres. Les négociations devaient se réaliser dans le cadre de six tables de travail: Table 1: Droits et Cultures Indigènes, Table 2: Démocratie et Justice, Table 3: Bien être et Développement, Table 4: Conciliation au Chiapas, Table 5: Droits de la Femme, Table 6: Fin des hostilités.

En août et septembre, l’EZLN lance une consultation nationale et internationale pour définir l’avenir de sa lutte. Plus d’un million de personnes répondent, la majorité appuyant la conversion de l’EZLN en une force politique d’un nouveau genre. Depuis les premiers jours du soulèvement, les zapatistes ont commencé un dialogue ouvert avec la société civile à tous les niveaux. Ce dialogue a été et continue d’être une de ses plus grandes forces et protection.