A principios de enero, el EZLN anuncia la creación del Frente Zapatista de Liberación Nacional (FZLN), nueva fuerza política no partidaria, independiente y pacífica (Cuarta Declaración de la Selva Lacandona). También, un Foro Nacional Indígena convocado por el EZLN atrae a más de 300 representantes indígenas de por lo menos 35 pueblos indios. Los participantes acuerdan convocar a la conformación del Congreso Nacional Indígena (CNI).

El 16 de febrero, se firman los Acuerdos de San Andrés que contienen los resultados de las negociaciones sobre el tema de Derechos y Cultura Indígena (Mesa 1). En marzo, se abre la segunda mesa sobre Democracia y Justicia. La delegación gubernamental casi no participa. Quiere evitar que el tema cobre una amplitud nacional o constitucional como en el caso de la mesa anterior. Mientras tanto la represión aumenta en todo el estado: arresto de presuntos zapatistas, acciones de grupos paramilitares (Chinchulines y Paz y Justicia), militarización persistente, dificultando aún más las negociaciones.

En septiembre, el EZLN decide retirarse de las negociaciones hasta tanto no se cumplan las condiciones estimadas necesarias para la credibilidad del proceso: liberación de todos los presuntos zapatistas, una comisión gubernamental con capacidad de decisión política y que respete a la delegación zapatista, la instalación de la Comisión de Seguimiento y Verificación (COSEVER), propuestas serias y concretas para la Mesa de ‘Democracia y Justicia’, y el fin del clima de persecución militar y policíaca contra las comunidades indígenas.

En noviembre, las partes acuerdan que la COCOPA preparará una iniciativa de ley para integrar los acuerdos ya firmados en la Constitución. El entendimiento es que las partes aceptarán la iniciativa por completo, sin ninguna observación o corrección, o la rechazarán. En diciembre de 1996, el EZLN acepta la iniciativa; el gobierno a cambio plantea modificaciones que cambian de manera sustantiva la propuesta de la COCOPA.