11 janvier : L’EZLN rejette le projet de réforme du gouvernement et annonce qu’il ne participera plus aux négociations tant que les Accords de San Andrés ne seront pas respectés.

16 février : plus de 10.000 indigènes zapatistes réalisent une marche à San Cristóbal pour exiger le respect des Accords de San Andrés sous la forme du projet de loi de la COCOPA.

14 mars : à San Pedro Nixtalucum (municipalité de El Bosque), lors d’une opération répressive, la police de l’état frappe des civils, bases de soutien de l’EZLN. Bilan: 4 morts, 29 blessés, 27 détenus et 300 déplacés.

25 avril : 200 déplacés choles de la zone Nord du Chiapas échappent au contrôle exercé par le groupe « Paix et Justice » en organisant la caravane « Wejlel » (« Liberté » en langue chol) et se rendent jusqu’à la capitale de l’état pour réclamer une solution à la situation qui prévaut dans leur région. Ils réalisent un sit-in de 87 jours devant le Palais du Gouvernement sans que le gouvernement de l’état ne les reçoive.

6 juillet : Lors des élections législatives, le PRI perd la majorité absolue au sein de la Chambre des Députés. Le PRD emporte le District Fédéral. Au Chiapas on observe de multiples irrégularités, de violence et d’un fort taux d’abstention.

8 septembre : 1.111 délégués zapatistes se rendent à Mexico pour assister au second Congrès National Indigène et pour exiger le respect des Accords de San Andrés. Ils participent à un autre Congrès qui donne naissance au Front Zapatiste de Libération Nationale.

4 novembre : Attaque contre les évêques du diocèse de San Cristóbal des Casas près de Tila, zone Nord du Chiapas.

29 novembre : 10 mille indigènes de diverses régions du Chiapas réalisent une marche à San Cristóbal pour exiger le respect des Accords de San Andrés.

Fin novembre : Plus de 4500 indigènes (de « Las Abejas » et sympathisants zapatistes) fuient la violence dans la municipalité de Chenalhó (déplacement interne).

8 décembre : Le Mexique et l’Union Européenne signent un accord qui permettra de négocier une aire de libre échange à partir de l’année suivante.

11 décembre : Les autorités de la municipalité de Chenalhó et de la municipalité autonome de Polhó décident de mettre une fin définitive aux agressions mutuelles. Une série de réunions débute, mais l’initiative échoue le 19 décembre du fait du manque de confiance entre les deux parties.

22 décembre : Cruel massacre de 45 personnes, la majorité des enfants et femmes appartenant à l’organisation civile « Las Abejas », qui avaient trouvé réfuge à Acteal, municipalité de Chenalhó, du fait de la violence paramilitaire.

Fin décembre : Des dizaines de personnes sont arrêtées pour leur participation présumée dans le massacre d’Acteal, parmi lesquelles un commandant de la Police et le maire (PRI) de Chenalhó. Le gouvernement mexicain envoie 5 mille soldats de plus au Chiapas, 2 mille d’entre eux à Chenalhó.