En enero, el EZLN acusa al gobierno de haber roto el procedimiento al presentar una contrapropuesta. Se niega a reiniciar las negociaciones antes de que se cumplan sus condiciones. Durante todo el año, el EZLN organiza grandes manifestaciones para presionar al gobierno a que implemente los Acuerdos de San Andrés, la más espectacular siendo la marcha de los 1111 zapatistas a la Ciudad de México. Dichas manifestaciones no tienen éxito: el gobierno parece haber optado por dejar «pudrir» la situación. La conflictividad tiene cada vez más características de una guerra de baja intensidad en la cual este último buscaría:

• confundir a la opinión pública a nivel nacional e internacional (discursos de paz, trabajo social del Ejército, limitación de los enfrentamientos de ejército a ejército, rumores, usos de los medios masivos de comunicación, limitación de las posibilidades de observación internacional, etc.);
• mantener un cordón informativo, militar y paramilitar de las comunidades disidentes;
• atemorizar a la población civil, posibles bases de apoyo del EZLN a través de acciones selectivas y «ejemplares» y apostar a que eso impedirá un mayor «contagio» de la insurgencia a otras partes de la sociedad y del país;
• «dividir para reinar» y polarizar a nivel inter e intra comunitario, o a través de acciones de represión e intimidaciones en contra de las organizaciones sociales

El gobierno parece apostar a que el EZLN va a perder su legitimidad en esta guerra prolongada de desgaste que tiene dimensiones políticas, militares, económicas, jurídicas e informativas. Paralelamente, la CONAI y la diócesis de San Cristóbal son objetos de campañas de difamación y críticas.

Una onda de violencia se desencadena en todo el estado: de la zona Norte (múltiples acciones del grupo Paz y Justicia y un atentado en contra de los obispos de San Cristóbal) a Chenalhó, culminando en Acteal con la masacre de 45 personas. Aumenta significadamente el número de desplazados: alrededor de 4000 en la zona Norte y más o menos 10.000 en los Altos.