Principios de enero: Francisco Labastida sustituye a Emilio Chuayffet como secretario de Gobernación. Julio César Ruiz Ferro es destituido por Roberto Albores Guillén como gobernador interino de Chiapas. Este último solicita la renuncia de 15 funcionarios del estado implicados en la masacre de Acteal.

11 de enero: La CONAI difunde un comunicado titulado «Por una Estrategia de Paz con Democracia», donde denuncia la guerra de baja intensidad que se vive en Chiapas y la batalla que se ha desatado contra la mediación y la diócesis de San Cristóbal. El secretario de Gobernación, Francisco Labastida Ochoa, anuncia la creación de la coordinación del Diálogo para la Negociación en Chiapas, con Emilio Rabasa Gamboa al frente, en lugar del comisionado para la Paz, Pedro Joaquin Coldwell.

22 de febrero: La COCOPA y la CONAI plantean 10 «condiciones indispensables» para la reanudación del diálogo, entre ellas: cumplimiento de los Acuerdos de San Andrés, respeto de la Ley para el Diálogo, la Conciliación y Paz, reducción de la presencia militar, desarme de grupos paramilitares, castigo a los autores de la masacre de Acteal.

Mediados de marzo: El PRI y el PAN presentan una iniciativa de ley sobre derechos y cultura indígena. El presidente Zedillo finalmente entrega un proyecto similar a la iniciativa del PRI.

11 de abril: El municipio autónomo Ricardo Flores Magón es desmantelado en un operativo policiaco-militar en la comunidad de Taniperlas, municipio de Ocosingo. Detienen a nueve mexicanos y doce extranjeros son expulsados del país.

1 de mayo: En un operativo policiaco-militar se desmantela el municipio autónomo Tierra y Libertad con cabecera en Amparo Agua Tinta. Se detienen a 53 personas.

25 de mayo: El coordinador para el Diálogo y la Negociación en Chiapas, Emilio Rabasa Gamboa, presenta la estrategia del gobierno federal para apoyar el proceso de pacificación en Chiapas:

1. atender las demandas sociales del pueblo chiapaneco;
2. destinar más gasto social a los municipios de mayor marginación,
3. buscar la vigencia del estado de derecho;
4. establecer una política de reconciliación intercomunitaria
5. reforzar esa política en Chenalhó y en otros municipios donde se encuentran familias desplazadas;
6. impulsar la legislación de los pueblos y comunidades indígenas;
7. reiterar la posición de Zedillo de buscar una salida pacífica para el conflicto.

28 de mayo: El gobierno mexicano difunde las nuevas reglas que deberán cumplir las organizaciones extranjeras para observación internacional. Entre las nuevas condiciones se establece que los grupos de observadores deberán tener un máximo de 10 integrantes, con una permanencia en el país de 10 días. Además, las organizaciones deberán presentar solicitud con 30 días de anticipación y tener 5 años de antigüedad o estatuto ante la ONU.

3 de junio: En un operativo policiaco-militar más de mil elementos de las fuerzas de seguridad entran en Nicolás Ruiz. Los policías detienen a más de 100 pobladores.

7 de junio: El Obispo Samuel Ruiz anuncia la disolución de la CONAI ante los ataques gubernamentales contra su persona, la Diócesis de San Cristóbal y la CONAI. Exige a los gobiernos federal y estatal que terminen con su actual estrategia de guerra y que demuestren con hechos su voluntad de resolver el conflicto.

10 de junio: En un operativo policiaco-militar para desmantelar el municipio autónomo San Juan de la Libertad, ubicado en El Bosque mueren 8 civiles y 2 policías.

8 de julio: El Secretario de Gobernación, Francisco Labastida, y el representante gubernamental para el diálogo, Emilio Rabasa, presentan ante la COCOPA la propuesta de distensión del gobierno que consiste en 5 puntos: integración de los municipios autónomos a la legalidad y a la constitucionalidad; más ayuda para los desplazados; entregar a la COCOPA los informes sobre las investigaciones de Acteal y El Bosque; acciones y medidas intensivas para proyectos de desarrollo social y productivo; la presencia del Ejército mexicano y al mismo tiempo búsqueda de un diálogo con el EZLN.

17 de julio: El EZLN difunde la Quinta Declaración de la Selva Lacandona, donde anuncia una Consulta Nacional por el Reconocimiento de los Pueblos Indígenas y por el Fin de la Guerra de Exterminio.

3 de agosto: El Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de las Casas difunde un informe donde dice que en los últimos 6 meses en Chiapas se registraron 57 ejecuciones sumarias, seis asesinatos políticos y más de 185 expulsiones de extranjeros. Denuncia que en este tiempo hubo en el estado varios casos graves de tortura, decenas de atentados en contra de defensores de Derechos Humanos, organizaciones civiles y líderes sociales y cientos de acciones militares y policíacas en la zona del conflicto.

20 de agosto: La Subcomisión de Prevención de Discriminación y Protección a las Minorías de la Comisión de Derechos Humanos de la ONU pide al gobierno mexicano que luche para acabar con las violaciones a los Derechos Humanos de los pueblos indígenas y que haga lo necesario para reiniciar el dialogo de paz en Chiapas.

28 de septiembre: La Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) reconoce que en México se han dado algunos avances democráticos, pero denuncia la militarización en varios estados del país y responsabiliza al gobierno de violar los Derechos Humanos de los indígenas.

4 de octubre: El PRI gana los comicios para las presidencias municipales y el congreso local a pesar de un abstencionismo de un 54%. Los observadores y partidos de oposición denuncian fraude por parte del PRI y constatan muchas irregularidades.

20-22 de noviembre: Tres mil ciudadanos participan en el encuentro entre el EZLN y la sociedad civil en el cual se discute la preparación de la Consulta Nacional. La delegación zapatista integrada por 29 personas también se reúne dos veces con la COCOPA.