Anfang Januar: In Folge des Massakers von Acteál wird Innenminister Emilio Chuayffet durch Francisco Labastida Ochoa ersetzt. Der Gouverneur von Chiapas, Julio César Ruiz Ferro, wird von Roberto Albores Guillén als Übergangs-Gouverneur ersetzt. Guillén fordert, 15 Staatsbeamte wegen ihrer Mitwirkung am Massaker abzusetzen.

11. Januar: Die CONAI verbreitet eine Meldung mit dem Titel „Für eine Friedensstrategie mit Demokratie“, welche den Krieg niederer Intensität sowie die Angriffe der Regierung gegen die Vermittlungsinstanzen und die Diözese von San Cristóbal anprangern. Der Innenminister Francisco Labastida Ochoa kündigt die Schaffung einer Koordinationsstelle des Dialogs für die Verhandlung in Chiapas an. An der Spitze soll anstelle des Bevollmächtigten für den Frieden, Pedro Joaquin Coldwell, künftig Emilio Rabasa Gamboa stehen.

22. Februar: Die COCOPA und die CONAI stellen zehn „unerlässliche Bedingungen“ für die Wiederaufnahme des Dialogs, darunter: die Umsetzung der Abkommen von San Andrés, die Respektierung des Gesetzes für den Dialog, die Vermittlung und den Frieden, die Reduzierung der Militärpräsenz, die Abrüstung der paramilitärischen Gruppen sowie die Bestrafung der Verantwortlichen des Massakers von Acteal.

Mitte März: Die PRI und die Partei der Nationalen Aktion (PAN) legen einen Gesetzesentwurf über „Indigene Rechte und Kultur“ vor. Präsident Zedillo unterzeichnet schließlich ein Projekt, das dem Vorschlag der PRI ähnlich ist.

11. April: Der Sitz des autonomen Landkreises Ricardo Flores Magón in der Gemeinde Taniperlas, Ocosingo, wird durch eine polizeilich-militärische Operation geräumt. Neun MexikanerInnen werden verhaftet und zwölf AusländerInnen ausgewiesen.

1. Mai: Bei einem polizeilich-militärischen Einsatz wird der autonomen Landkreis Tierra y Libertad zerschlagen, dessen Sitz sich in Amparo Aguatinta befindet. 53 Personen werden verhaftet.

25. Mai: Der Koordinator für den Dialog und die Verhandlung in Chiapas, Emilio Rabasa Gamboa, stellt die Strategie der Bundesregierung vor, um den Friedensprozess in Chiapas zu unterstützen:

1. die sozialen Forderungen des Volkes von Chiapas sollen erhört werden;
2. den unter größter Marginalisierung leidenden Landkreisen soll mehr Geld für soziale Zwecke gewährt werden;
3. der Rechtsstaat soll aufrechterhalten werden;
4. eine Versöhnungspolitik zwischen den Gemeinden soll geschaffen werden;
5. diese Politik soll in Chenalhó und anderen Landkreisen verstärkt werden, in denen sich Flüchtlingsfamilien befinden;
6. eine Gesetzgebung für die indigenen Völker und Gemeinden soll gefördert werden;
7. die Position von Präsident Zedillo soll erneut bestätigt und ein friedlicher Ausgang des Konflikts gesucht werden

28. Mai: Die mexikanische Regierung veröffentlicht neue Regeln, die die ausländischen Organisationen zu erfüllen haben, wenn sie internationale Beobachtung in Mexiko durchführen wollen. Zu diesen neuen Bedingungen zählen: die Beobachtergruppen dürfen höchstens aus zehn Personen bestehen und maximal zehn Tage im Land bleiben. Außerdem müssen die Organisationen 30 Tage im Voraus den Antrag einreichen, mindestens fünf Jahre alt oder bei der UNO registriert sein.

3. Juni: Mehr als tausend Sicherheitskräfte dringen in einem polizeilich-militärischen Einsatz in Nicolás Ruiz ein. Die Polizeibeamten verhaften mehr als 100 AnwohnerInnen.

7. Juni: Angesichts der Regierungsangriffe gegen seine Person, die CONAI und die Diözese von San Crisóbal kündigt Bischof Samuel Ruiz die Auflösung der CONAI an. Ruiz fordert die Staats- sowie die Bundesregierung auf, ihre aktuelle Kriegsstrategie zu beenden und ihren Willen, den Konflikt zu lösen, durch Taten zu zeigen.

10. Juni: Während einer polizeilich-militärischen Operation, deren Ziel es ist, den autonomen Landkreis San Juan Libertad in El Bosque zu beseitigen, sterben acht ZivilistInnen und zwei Polizeibeamte.

8. Juli: Innenminister Francisco Labastida und der Regierungsvertreter für den Dialog, Emilio Rabasa, legen der COCOPA den Lösungsvorschlag der Regierung vor. Dieser besteht aus fünf Punkten: Einbindung der autonomen Landkreise in die Legalität und Verfassung; größere Hilfen für Flüchtlinge; intensive Aktionen und Maßnahmen für soziale und wirtschaftliche Entwicklung sowie Präsenz des mexikanischen Militärs bei gleichzeitiger Suche nach dem Dialog mit der EZLN. Außerdem soll die COCOPA die Untersuchungsberichte von Acteal und El Bosque erhalten.

17. Juli: Die EZLN verbreitet ihre „Fünfte Erklärung aus dem Lakandonischen Urwald“. Darin kündigt sie eine Nationale Konsultation für die Anerkennung der Indigenen Völker und das Ende des Vernichtungskrieges an.

3. August: Das Menschenrechtszentrum Fray Bartolome de las Casas veröffentlicht einen Bericht, nachdem zusammengefasst in den letzten sechs Monaten in Chiapas 57 Hinrichtungen, sechs politische Morde und über 185 Ausweisungen von AusländerInnen registriert wurden. Das Zentrum klagt an, dass es in dieser Zeit in Chiapas schwere Folterungen, dutzende Attentate gegen MenschenrechtsverteidigerInnen, zivile Organisationen und soziale Führer sowie Hunderte von Militär- und Polizeiaktionen im Konfliktgebiet gegeben habe.

20. August: Die Unterkommission für Vorbeugung von Diskriminierung und Schutz von Minderheiten der UN-Menschenrechtskommission fordert die mexikanische Regierung auf, gegen die Menschenrechtsverletzungen der indigenen Völker vorzugehen und das Notwendige zu tun, um den Friedensdialog in Chiapas wieder aufzunehmen.

28. September: Die Interamerikanische Menschenrechtskommission (IAKMR) erkennt an, dass in Mexiko einige demokratische Fortschritte zu beobachten sind. Sie prangert jedoch die Militarisierung mehrerer Bundesstaaten an und macht die Regierung für die Menschenrechtsverletzungen an der indigenen Bevölkerung verantwortlich.

4. Oktober: Die PRI gewinnt die Kommunal- und die Landtagswahlen in Chiapas trotz einer Stimmenthaltung von 54 Prozent. BeobachterInnen und Oppositionsparteien klagen die PRI des Betrugs an und berichten über zahlreiche Unregelmäßigkeiten

20-22. November: 3.000 Personen nehmen am Treffen zwischen EZLN und Zivilgesellschaft teil, in welchem die Vorbereitung der Nationalen Konsultation diskutiert wird. Die aus 29 Personen bestehende Zapatistendelegation setzt sich zweimal mit der COCOPA zusammen.