Début janvier : Francisco Labastida remplace Emilio Chuaytffet comme Ministre de l’Intérieur. Julio César Ruiz Ferro est remplacé par Roberto Albores Guillén comme gouverneur intérimaire du Chiapas. Ce dernier exige à 15 fonctionnaires de l’état de démissionner du fait de leur implication dans le massacre d’Acteal.

11 janvier : La CONAI diffuse un communiqué intitulé « Pour une Stratégie de Paix avec Démocratie », où elle dénonce la guerre de basse intensité qui se vit au Chiapas et la bataille menée par le gouvernement contre la médiation et le diocèse de San Cristóbal. Le Ministre de l’Intérieur, Francisco Labastida Ochoa, annonce la création de la coordination pour le Dialogue et la Négociation au Chiapas, avec Emilio Rabasa Gamboa à sa tête, au lieu du commissaire pour la Paix, Pedro Joaquin Coldwell.

22 février : La COCOPA et la CONAI posent 10 « conditions indispensables » pour la reprise du dialogue, parmi lesquelles: le respect des Accords de San Andrés et Loi pour le Dialogue, la Conciliation et la Paix, la réduction de la présence militaire, le désarmement des groupes paramilitaires, et le châtiment des auteurs du massacre d’Acteal.

Mi mars : Le PRI et le PAN présentent un projet de loi sur les droits et la culture indigènes. Le président Zedillo signe finalement un projet similaire à celui du PRI.

11 avril : La municipalité autonome Ricardo Flores Magón est démantelée lors d’une opération commune police-armée dans la communauté de Taniperlas, municipalité d’Ocosingo. Neuf mexicains sont arrêtés et douze étrangers sont expulsés du pays.

1 mai : Lors d’une opération police-armée, la municipalité autonome Tierra et Libertad dont le chef-lieu se trouve à Amparo Agua Tinta est démantelée. 53 personnes sont arrêtées.

25 mai : Le coordinateur pour le Dialogue et la Négociation au Chiapas, Emilio Rabasa Gamboa, présente la stratégie du gouvernement fédéral pour appuyer le processus de pacification au Chiapas qui incluent comme priroités:

1. donner une solution aux demandes sociales du peuple du Chiapas;
2. accorder plus de fonds aux municipalités qui présentent la situation de plus haute marginalisation,
3. maintenir l’état de droit,
4. établir une politique de réconciliation communautaire,
5. renforcer cette politique à Chenalhó et dans les autres municipalités où des familles déplacées se trouvent,
6. promouvoir une législation pour les peuples et communautés indigènes,
7. réaffirmer la position de Zedillo dans le sens de la recherche d’une issue pacifique au conflit.

28 mai : Le gouvernement mexicain diffuse les nouveaux critères : les organisations étrangères qui souhaitent réaliser un travail d’observation internationale au Mexique doivent respecter. Parmi ces nouvelles conditions se trouvent: les groupes d’observateurs ne devront pas dépasser dix personnes et pourront rester dans le pays un maximum de 10 jours. De plus, les organisations devront présenter leur requête avec 30 jours d’anticipation, avoir au moins 5 ans d’existence ou un statut auprès de l’ONU.

3 juin : Lors d’une opération militaro-policière, plus de mille éléments des forces de sécurité entrent à Nicolás Ruiz. Les policiers arrêtent plus de 100 habitants.

7 juin : L’évêque Samuel Ruiz annonce la dissolution de la CONAI face aux attaques du gouvernement contre sa personne, le Diocèse de San Cristóbal et la CONAI. Il exige aux gouvernements fédéral et de l’état de mettre fin à leur stratégie de guerre et de démontrer dans les faits leur volonté réelle de résoudre le conflit.

10 juin : Lors d’une opération militaro-policière pour démanteler la municipalité autonome San Juan de la Libertad, qui se trouve dans la municipalité de El Bosque, 8 civils et 2 policiers trouvent la mort.

8 juillet : Le Ministre de l’Intérieur, Francisco Labastida, et le représentant du gouvernement pour le dialogue, Emilio Rabasa, présentent à la COCOPA la proposition du gouvernement pour le Chiapas qui consiste en 5 points:

• retour des municipalités autonomes à la légalité et la constitutionnalité;
• de plus grandes aides pour les déplacés;
• remettre à la COCOPA les rapports d’enquêtes dans les cas d’Acteal et de El Bosque;
• des actions et mesures intensives pour des projets de développement social et productif;
• maintenir la présence de l’armée mexicaine et en même temps, rechercher le dialogue avec l’EZLN.

17 juillet : L’EZLN diffuse la Cinquième Déclaration de la Forêt Lacandone, où elle annonce une Consultation Nationale pour la Reconnaissance des Peuples Indigènes et la Fin de la Guerre d’Extermination.

3 août : Le Centre des Droits Humains Fray Bartolomé de Las Casas publie un rapport où il informe qu’au cours des 6 derniers mois au Chiapas, 57 exécutions sommaires, six assassinats politiques et plus de 185 expulsions d’étrangers ont été dénoncés. Durant cette même période, plusieurs cas graves de torture, des dizaines d’attentats contre des défenseurs des droits humains, des organisations civiles et des dirigeants sociaux, ainsi que des centaines d’actions militaires et policières ont été également été rapportés dans la zone de conflit.

20 août : La Sous Commission pour la Prévention de la Discrimination et la Protection des Minorités de la Commission des Droits Humains de l’ONU demande au gouvernement mexicain de lutter pour mettre fin aux violations des droits humains des peuples Indigènes et de faire le nécessaire pour reprendre le dialogue de paix au Chiapas.

28 septembre : La Commission Interaméricaine des Droits Humains (CIDH) reconnaît que l’on peut observer une avancée démocratique au Mexique, mais elle dénonce la militarisation de plusieurs états du pays et elle rend responsable le gouvernement de la violation des droits des indigènes.

4 octobre : Le PRI gagne les élections municipales et pour le congrès local en dépit d’un abstentionnisme de 54%. Les observateurs et partis de l’opposition dénoncent des fraudes de la part du PRI et rapportent de nombreuses irrégularités.

20-22 novembre : Trois mille personnes participent à la Rencontre entre l’EZLN et la société civile lors de laquelle la discussion porte sur la préparation de la Consultation Nationale. La délégation zapatiste formée par 29 personnes se réunit deux fois avec la COCOPA.