En 1998, se exacerba aún más el desfase entre los discursos de paz y las políticas de fuerza implementadas por el gobierno. El proceso de paz parece definitivamente estancado cuando se multiplican propuestas de reforma constitucional sobre Derechos y Cultura Indígena: una del Partido Revolucionario Institucional (PRI), el partido en aquel entonces en el poder con una iniciativa que respaldará el Presidente Zedillo y otra del Partido de Acción Nacional (PAN). De esa manera, las posibilidades de que el texto de la COCOPA (texto aceptado por el EZLN) sea considerado por el Congreso de la Unión se alejan. Frente a este estancamiento, la CONAI se disuelve (junio) . El Obispo Samuel Ruiz explica que se tomó esta decisión ante los ataques gubernamentales contra él, la Diócesis de San Cristóbal y la CONAI. La COCOPA difícilmente logra suplir sus funciones y tampoco jugar un papel muy significativo cuando es una estructura a veces limitada o paralizada por intereses partidarios.

Mientras tanto, la militarización sigue siendo muy alta: la CONAI y las organizaciones de derechos humanos hablan de más de 70.000 soldados, la tercera parte de las fuerzas armadas mexicanas (la cifra puede haber sido menor sin quitarle su desproporción al hecho). Se multiplican los operativos policiaco-militares de gran amplitud en contra de los municipios autónomos zapatistas (Flores Magón en abril, Tierra y Libertad en mayo, Nicolás Ruiz y San Juan de la Libertad en junio). El pretexto para entrar, si bien tiene un fundamento legal, llevó a la detención de decenas de personas (lo cual es contrario a la Ley para el Diálogo). Los zapatistas respondieron en forma violenta nada más en un caso (San Juan de la Libertad, municipio de El Bosque), con un saldo de 8 muertos.

A nivel del estado, el nuevo gobernador, Albores Guillen lanza una gran ofensiva para restablecer «el Estado de Derecho» a través de diferentes campañas: Acuerdo estatal para la Reconciliación en Chiapas, plan de remunicipalización y ley de ‘Amnistía y Desarme de los Grupos Civiles en el Estado de Chiapas’. Dichas iniciativas son criticadas severamente por la oposición ya que no toman en cuenta al EZLN y pueden llegar a provocar más divisiones.

Frente a estas ofensivas jurídicas, militares y legales, el EZLN se queda silencioso durante varios meses antes de lanzarse en un nuevo esfuerzo de mayor diálogo con la sociedad civil. Anuncia una consulta nacional sobre la iniciativa de ley indígena que hizo la COCOPA con base a los acuerdos de San Andrés. Busca así romper con el cerco en el cual quiere mantenerle el gobierno que, desde el principio del conflicto, ha intentado «chiapanequizar» el problema.