7. Februar 1999: Der PRI-Kandidat René Juarez Cisneros gewinnt die Wahl zum Gouverneur.

22. Februar 1999: 25.000 Personen demonstrieren in Acapulco. Sie fordern die Überprüfung der Wahlen, da es einen Wahlbetrug gegeben haben soll.

14. April 1999: Bauern- und soziale Organisationen, die Staatsleitung der PRD sowie die Staatliche Kommission zur Verteidigung der Menschenrechte (CODDEHUM) sprechen sich für die Wiederaufnahme der Untersuchung des Falls „Massaker von Aguas Blancas“ aus.

20. und 21. April 1999: Soldaten töten zwei Angehörige des indigenen Volkes der Mixteken (einer von ihnen minderjährig) und vergewaltigen zwei Mixtekinnen in Barrio Nuevo San José. Sie töten einen weiteren Indígena in einer benachbarten Gemeinde, im Landkreis Tlacoachistlahuaca, Costa Chica.

2. Mai 1999: Die Umweltschützer Rodolfo Montiel Flores und Teodoro Cabrera García von der Umweltorganisation der Sierra de Petatlán und Coyuca de Catalán (Costa Grande) werden auf illegale Weise festgenommen, gefoltert, in militärische Einrichtungen überführt sowie aufgrund von gefälschten Strafakten des mexikanischen Heeres gerichtlich verfolgt. Ein anderer Bauer, Salomé Sánchez Ortiz, wird hingerichtet. Ein Jahr später veröffentlicht die CNDH die Empfehlung 8/2000, in welcher sie aufzeigt, dass die Menschenrechte der Umweltschützer verletzt wurden, weil das mexikanische Heer sie folterte, ihnen Waffen und Drogen unterschob und mindestens zweieinhalb Tage illegal in ihrer Gewalt hielt.

3. Mai 1999: Die Indigene Organisation der mixtekischen und tlapanekischen Völker (OIPMT) aus Ayutla de Los Libres (Costa Chica) reicht aufgrund erzwungener Sterilisation indigener Frauen und Männer durch Betrug eine Klage bei der staatlichen Gesundheitsbehörde ein (Versprechen und Drohungen, ihnen die ökonomische Unterstützung zu streichen, falls sie sich nicht der Operation unterziehen).

23. September 1999: Die ERPI greift einen Militärkonvoi in der Nähe von Ayutla an. Drei Soldaten werden verletzt.