Esta tendencia a regionalizar al máximo el conflicto se refuerza en 1999. El gobierno parece pretender resolver las causas del mismo al promover el desarrollo económico (ver 1994)… sin dialogar con los zapatistas. En un mismo afán, el gobernador, Roberto Albores Guillen, presenta su iniciativa de ley sobre Derechos y Cultura Indígena al Congreso del estado. La iniciativa es fuertemente criticada por partidos de oposición y organizaciones sociales ya que pasa por alto los Acuerdos de San Andrés y todo el proceso de consulta que permitió llegar a su elaboración. Pero mientras tanto, deja la impresión en algunos de que sí se está cumpliendo.

En marzo, el EZLN demuestra que sigue siendo un actor con el que hay que contar a través de la consulta nacional ‘por el Reconocimiento de los Pueblos Indios y por el fin de la Guerra de Exterminio’ organizada conjuntamente con la sociedad civil. Participan más de 2,5 millones de ciudadanos mexicanos.

En respuesta, en la primavera, se lanzan varias campañas desde el gobierno de Chiapas para desacreditar a los zapatistas y sus simpatizantes: las primeras planas hicieron alarde de algunas entregas de armas de supuestos zapatistas. Resulta que ya no lo eran o nunca lo habían sido y que dichas entregas se dieron a cambio de apoyos económicos gubernamentales.

Las autoridades estatales y federales pretextan la aplicación de la Ley de Armas de Fuego y Explosivos, la lucha contra el narcotráfico, la detención de delincuentes y la protección de los habitantes que así lo pidieron para aumentar las incursiones militares y policíacas en las comunidades zapatistas.

Pero tanto a nivel nacional como internacional, y a pesar de sus palabras de buena voluntad, el gobierno ya no logra convencer. Lo más llamativo es la frecuencia de visitas de representantes de la ONU de cada vez más alto perfil, haciendo comentarios que retoman el tema de Chiapas o la impunidad de los grupos paramilitares.

El 30 de diciembre, el Vaticano anuncia el traslado del obispo coadyutor de San Cristóbal, Raúl Vera a Saltillo, en el Norte del país. El Obispo Samuel Ruiz había presentado su renuncia en noviembre, pero todavía no había sido aceptada. El traslado de Vera, que estaba por suceder a Ruiz y seguir con su línea diocesana, y la incertidumbre resultante, generan temores en los círculos cercanos, respecto al posible efecto sobre las perspectivas de paz.