Cette tendance à régionaliser au maximum le conflit se renforce en 1999. Le gouvernement paraît prétendre résoudre les causes de ce conflit en promouvant le développement économique… sans dialoguer avec les zapatistes. Dans le même sens, le gouverneur Roberto Albores Guillen présente son projet de loi sur les Droits et la Culture Indigène auprès du Congrès du Chiapas. L’initiative est fortement critiquée par les partis d’opposition et les organisations sociales, car elle passe outre les Accords de San Andrés et tout le processus de consultation qui a permis de parvenir à leur élaboration. Le gouvernement peut cependant donner l’impression à certains qu’il essaye effectivement de répondre à la situation de conflit.

En mars, l’EZLN démontre qu’elle reste un acteur avec lequel il faut compter au travers de la consultation nationale « pour la Reconnaissance des Peuples Indiens et pour la fin de la Guerre d’extermination » organisée conjointement par les zapatistes et la société civile. Plus de 2,5 millions de Mexicains y participent.

En réponse, au printemps, de nombreuses campagnes pour discréditer les zapatistes et leurs sympathisants sont menées depuis le Chiapas : la Une des journaux parle de supposés zapatistes rendant leurs armes. En fait, ils ne l’étaient plus ou ne l’avaient jamais été et ces remises d’armes se font en échange d’appuis économiques de la part du gouvernement.

Les autorités de l’état et fédérales prétextent l’application de la Loi sur les Armes à feu et Explosifs, la lutte contre le trafic de drogues, l’arrestation de délinquants et la protection réclamée par certains habitants pour justifier l’entrée de forces militaires et policières dans les communautés zapatistes.

Mais tant au niveau national qu’international et malgré ses discours de bonne volonté, le gouvernement a du mal à convaincre. Le plus frappant est la fréquence des visites de représentants de l’ONU toujours de plus haut niveau dont les commentaires reprennent le thème du Chiapas ou l’impunité des groupes paramilitaires.

Le 30 décembre, le Vatican annonce le transfert de l’évêque coadjuteur, Raul Vera, à Saltillo, au nord du Mexique. L’évêque Samuel Ruiz avait présenté sa renonciation en novembre, mais elle n’avait pas encore été acceptée. Le transfert de Raul Vera, qui devait succéder à Mgr. Ruiz et continuer dans la même lignée, et l’incertitude après coup, génèrent certaines craintes dans les milieux proches du diocèse.