Todo análisis sobre el año 2000 tiene que entenderse en un contexto electoral tanto a nivel estatal como federal. Las esperanzas de lograr avances significativos hacia la paz antes de que se terminara el periodo del presidente Zedillo parecían escasas de antemano. Las elecciones representan durante varios meses un elemento de incertidumbre e inestabilidad, especialmente en el explosivo contexto de Chiapas.

Las elecciones federales del 2 de julio marcan un cambio histórico para México. Luego de 71 años de gobierno sin interrupción, el PRI pierde la presidencia ante el líder de centro-derecha, Vicente Fox. A diferencia de lo previsto, no se dan muchas quejas por fraudes (aunque sí en las zonas rurales) y tanto el Presidente Zedillo como el candidato del PRI reconocen su victoria apenas unas horas después del anuncio de los resultados. El partido representado por Fox también obtiene el mayor número de escaños en la Cámara de diputados.

Semanas después, Pablo Salazar, candidato de una coalición de partidos de la oposición, es elegido gobernador de Chiapas el 20 de agosto, otro inesperado revés para el PRI que también dominó la política chiapaneca por décadas.

Los meses antes de la toma de posesión de los nuevos gobiernos (diciembre) resultan ser tiempos de latencia y transición , entre expectativas, debates y definiciones. En Chiapas, la tensión sube en más de una ocasión, en particular en octubre, a raíz de la detención de 11 personas de la Unión Campesina Indígena Agropecuaria y Forestal (UCIAF), una escisión de ‘Desarrollo, Paz y Justicia’, uno de los grupos acusados de ser paramilitares.

A partir de la toma de posesión del Presidente Fox en diciembre, se observa un cambio significativo en comparación con la administración anterior: coloca el tema de Chiapas en los primeros lugares de la agenda nacional y ordena el retiro de 53 retenes militares.

Después de meses de silencio y sin haber participado en las elecciones, los zapatistas realizan una conferencia de prensa reconociendo que los nuevos gobiernos podrían ser una nueva oportunidad para la paz. Piden tres señales para reanudar el diálogo: el cumplimiento de los Acuerdos de San Andrés, la liberación de los presos zapatistas y el cierre de siete bases militares ubicadas en el área de mayor influencia zapatista. Anuncian una Marcha a México D.F. para defender la propuesta de reforma constitucional redactada por la COCOPA en base a los Acuerdos de San Andrés.

Fox responde: presenta la iniciativa de ley de la COCOPA el 5 de diciembre y cierra paulatinamente varias posiciones militares. Este esfuerzo es correspondido por Pablo Salazar en Chiapas al liberar decenas de presos zapatistas.