En marzo se presenta el Plan oficial para el desarrollo de los pueblos indígenas, que deja de lado aspectos claves de la ley COCOPA y en cambio anuncia la implementación de programas gubernamentales. Los zapatistas y la mayoría de las organizaciones indígenas rechazan estas iniciativas, apostando a la construcción de la autonomía por la vía de los hechos, desde las bases de sus comunidades.

Hasta el final del año, el EZLN permanece en silencio, en protesta por la aprobación de la reforma constitucional sobre derechos indígenas. Tres procesos paralelos hubieran podido modificar ese escenario nuevamente estancado:

• A mediados de febrero, 168 diputados volvieron a presentar la ley COCOPA en el Congreso federal, «para reparar el error de haber aprobado (…) una reforma que no respondió a las demandas de los pueblos indígenas». Esta iniciativa no prosperó por la composición del poder Legislativo (sin cambios desde la aprobación de la ley y hasta mediados del 2003).
• En marzo, la OIT admitió las reclamaciones presentadas por sindicatos y organizaciones sociales contra la ley aprobada, y si bien una resolución desfavorable a la reforma no tendría carácter coercitivo, podría cuestionar aún más su legitimidad, además de constituir una sanción moral. Dicho proceso sigue pendiente.
• Finalmente, la expectativa más alta se tenía respecto al fallo de la Suprema Corte de Justicia de la Nación sobre las más de 300 controversias constitucionales presentadas en contra de la ley. Se pronunció en septiembre, validando dicha ley.

A lo largo del año, la resistencia zapatista y la construcción de la autonomía se siguen dando en medio de tensiones inevitables con las autoridades locales oficiales, y con las organizaciones antes aliadas y hoy en disputa por el control territorial y político. Entre julio y agosto, Chiapas registra una preocupante escalada de violencia y varios dirigentes zapatistas civiles son asesinados en municipios autónomos ubicados en la zona Selva. Desde mediados de 2002, otro eje de tensión es la amenaza de desalojo violento de las comunidades asentadas en la Biosfera de los Montes Azules.