En mars, le gouvernement présente le Plan officiel pour le développement des peuples indigènes, qui laisse de côté plusieurs aspects-clés du projet de loi de la COCOPA et annonce en revanche la mise en place de programmes gouvernementaux. Les zapatistes et la majorité des organisations indigènes rejettent ces mesures et misent sur la construction de l’autonomie par la voie des faits, depuis la base de leurs communautés.

Jusqu’à la fin de l’année, l’EZLN reste silencieuse, protestant ainsi contre l’approbation de la réforme constitutionnelle en matière de droits indigènes. Trois processus parallèles auraient pu modifier ce scénario nouvellement paralysé:

• Mi février, 168 députés présentèrent à nouveau le projet de loi de la COCOPA auprès du Congrès fédéral, « pour réparer l’erreur d’avoir approuvé (…) une réforme qui n’a pas répondu aux demandes des peuples indigènes. » Cette initiative n’a pas prospéré du fait de la composition du pouvoir Législatif (sans changements depuis l’approbation de la loi et jusqu’à la fin du premier semestre de 2003).
• En mars, l’OIT accepte la réclamation des syndicats et organisations sociales présentée contre la réforme indigène approuvée. Même si une résolution contraire à la réforme n’aurait pas un caractère coercitif, elle pourrait questionner plus encore sa légitimité, et constituer une sanction morale. Ce processus n’est pas encore terminé.
• Finalement, l’expectative la plus grande avait trait à la décision de la Suprême Cour de Justice de la Nation quant aux plus de 300 controverses constitutionnelles présentées contre la loi approuvée. Elle s’est prononcée en septembre, validant cette loi.

Tout au long de l’année, la résistance zapatiste et la construction de l’autonomie se sont donnée au milieu de tensions inévitables avec les autorités locales officielles, et avec les organisations auparavant alliées et désormais en conflit pour le contrôle politique et du territoire. Entre juillet et août, le Chiapas connaît une préoccupante escalade de la violence et plusieurs dirigeants zapatistes civils sont assassinés dans les municipalités autonomes de la Jungle. A partir du second semestre, un autre vecteur de tension est la menace d’expulsion violente des communautés situées dans la Biosphère de Montes Azules.