1º de enero: El EZLN rompe el silencio. En la concentración más numerosa hasta ahora de las bases de apoyo zapatistas, más de 20 mil indígenas «toman» pacíficamente la ciudad de San Cristóbal de Las Casas. El EZLN condena a los tres principales partidos políticos por haber traicionado el espíritu de los Acuerdos de San Andrés con la ley indígena aprobada en 2001. Advierte al comisionado gubernamental para la paz que le impedirá entrar a sus territorios.

A partir de enero: El EZLN da a conocer un «Calendario de la Resistencia», 12 documentos en los que el subcomandante Marcos realiza una radiografía de las luchas que se dan en el resto de México (retomando la misma ruta que siguió la Marcha del Color de la Tierra).

30 de abril: El papa Juan Pablo II nombra obispo auxiliar de San Cristóbal de las Casas al sacerdote Enrique Díaz Díaz.

8 de mayo: El gobierno estatal y dirigentes lacandones pactan una tregua para no realizar desalojos de comunidades en la reserva de la biosfera de Montes Azules. Las autoridades se comprometen a beneficiar la etnia con diversos apoyos económicos mientras que los lacandones suspenderán sus intentos de expulsar de la región a otros grupos indígenas.

5 a 8 de mayo: El Encuentro Hemisférico frente a la Militarización realizado en San Cristóbal de Las Casas congrega a cerca de 1000 personas de 272 organizaciones de 35 países.

11-12 de mayo: Durante la Reunión Continental y Global contra el ALCA y la OMC en México, los delegados de más de 150 organizaciones internacionales acuerdan una agenda mundial de movilizaciones.

17 de mayo: más de 400 integrantes de 92 organizaciones sociales y no gubernamentales participan en el Encuentro Nacional Respuesta y Resistencia Mesoamericana a la Globalización Neoliberal, realizado en Oaxaca.

28 de mayo: Con una inversión inicial de 75 millones de pesos, el gobernador Pablo Salazar pone en marcha el programa Vida mejor, con el cual se busca atender a 260 microrregiones sumidas en la marginación y la pobreza.

3 de junio: El relator de la Organización de las Naciones Unidas sobre la Situación de los Derechos Humanos y Libertades Fundamentales de los Pueblos Indígenas, Rodolfo Stavenhagen, inicia una visita a México.

6 de julio: Se registran hechos violentos durante las elecciones legislativas en zonas indígenas de Chiapas, principalmente en San Juan Cancuc, Zinacantán y Chenalhó. A nivel federal, se registra el mayor abstencionismo en la historia reciente del país.

18 a 24 de julio: en Honduras, se lleva a cabo una Jornada de Resistencia 2003 conformada por una serie de foros y encuentros en busca del fortalecimiento de la lucha popular en Mesoamérica y el Caribe, así como para buscar alternativas a los proyectos económicos.

19 de julio: La fiscalía especial para el caso Digna Ochoa sostiene la tesis del «suicidio simulado» al concluir las investigaciones sobre la muerte de la abogada, una conclusión cuestionada por varias ONG de Derechos Humanos.

Julio: El EZLN anuncia una serie de cambios que se refieren a su funcionamiento interno y a su relación con la sociedad civil nacional e internacional (siete documentos que conforman la «Treceava Estela»).

8-10 de agosto: Para instaurar la autonomía establecida en los Acuerdos de San Andrés, en un acto celebrado en Oventik, la comandancia del EZLN anuncia la desaparición de los Aguascalientes, la creación de los Caracoles y de las Juntas de Buen Gobierno.

Septiembre: En la zona Norte, indígenas choles informan de su decisión de delimitar su territorio en el que serán las leyes zapatistas las que rijan la vida de todos. La colocación de carteles zapatistas genera tensión en la zona.

10 de septiembre: Se realiza un Foro Indígena organizado por el Congreso Nacional Indígena (CNI), en el marco de la reunión ministerial de la OMC en Cancún. EL EZLN envía varios comunicados.

11 de septiembre: Comparece ante un juez penal el presidente del concejo autónomo Miguel Hidalgo para declarar en relación con la detención de tres zapatistas cuando transportaban un cargamento de leña y carbón, «para consumo doméstico» y acusados de ecocidio. Los detenidos son liberados a los pocos días.

Septiembre/octubre: Serie de conflictos entre miembros de la Central Independiente de Obreros Agrícolas y Campesinos (CIOAC) y zapatistas a raíz de la detención de Armín Morales Jiménez por milicianos del EZLN por el presunto delito de abuso de confianza. La Junta de Buen Gobierno de La Realidad lo libera a principios de octubre supuestamente luego de que el gobierno estatal cubriera los 80 mil pesos que exigía el concejo autónomo de San Pedro de Michoacán como pago de un camión propiedad de una base de apoyo zapatista, que Armín Morales habría vendido a otra persona.

12 de octubre: Durante el Encuentro de las Naciones Indígenas de México, unos 200 representantes de organizaciones indígenas reiteran que fue «una traición de los legisladores» no haber aprobado la iniciativa de Ley de la COCOPA y que sólo queda construir la autonomía en los hechos. También hacen un pronunciamiento en favor de las juntas de Buen Gobierno zapatistas.

13 de octubre: De visita por Chiapas, el secretario de Gobernación, Santiago Creel, sostiene que el gobierno federal espera la respuesta de los congresos estatales relacionada con la reforma constitucional en materia indígena «para hacer una valoración» y presentar un paquete de iniciativas de ley ante el Congreso de la Unión. Por su parte, el gobernador de Chiapas, Pablo Salazar Mendiguchía, reconoce que los esfuerzos del EZLN al crear las Juntas de Buen Gobierno «son interesantes». Puntualiza que si antes el gobierno del estado era parte del conflicto, ahora se ha mantenido respetuoso de las decisiones de las comunidades zapatistas.

17 de noviembre: 20 aniversario del EZLN realizado internamente y a puerta cerrada.

8 de diciembre: El presidente Vicente Fox acepta las 32 recomendaciones derivadas del diagnóstico elaborado por la Oficina del Alto Comisionado de Naciones Unidas para los Derechos Humanos.