El primero de enero, más de 20 mil indígenas «toman» la ciudad de San Cristóbal. El EZLN rompe el silencio, condenando a los tres principales partidos políticos por haber traicionado el espíritu de los Acuerdos de San Andrés con la ley indígena aprobada. En los meses siguientes, da a conocer un «Calendario de la Resistencia», 12 documentos en los que el subcomandante Marcos realiza una radiografía de las luchas que se dan en el resto de México (retomando la misma ruta que siguió la Marcha del Color de la Tierra).

En mayo, después de meses de tensión por las amenazas de desalojo, el gobierno del estado de Chiapas y dirigentes lacandones pactan una tregua para no realizar desalojos de comunidades en la reserva de la biosfera de Montes Azules. Si bien después de eso, no se registran hechos violentos, discursos contradictorios por parte de las distintas instancias gubernamentales contribuyen a mantener una alta tensión en la zona.

En julio, se registran hechos violentos durante las elecciones legislativas en zonas indígenas de Chiapas, principalmente en San Juan Cancuc, Zinacantán y Chenalhó. A nivel federal, se registra el mayor abstencionismo en la historia reciente del país.

Paralelamente, el EZLN anuncia una serie de cambios que se refieren a su funcionamiento interno y a su relación con la sociedad civil nacional e internacional (siete documentos que conforman la «Treceava Estela»). Para instaurar la autonomía establecida en los Acuerdos de San Andrés, en un acto celebrado en Oventik del 8 al 10 de agosto, la comandancia del EZLN anuncia la desaparición de los Aguascalientes, la creación de los caracoles y de las Juntas de Buen Gobierno. Cada una de las 5 Juntas de Buen Gobierno está formada por uno o dos delegados de cada uno de los Consejos Autónomos de dicha zona, abarcando así los 30 Municipios Autónomos Rebeldes Zapatistas. El proyecto zapatista aparece más que nunca como de resistencia más que militar y adopta una actitud proactiva de desobediencia civil al proponerse asumir de manera cada vez más explícita funciones de gobierno.

El EZLN anuncia también el retiro de los retenes así como de los cobros en carreteras y caminos bajo su control como gesto de buena voluntad hacia las comunidades no zapatistas. Sin embargo, el EZLN seguirá trabajando en la defensa de los municipios autónomos.

La creación de las JBG abre una etapa de recomposición de las relaciones tanto hacia dentro como hacia fuera de los territorios zapatistas. A pesar del mensaje conciliador hacia los no zapatistas, este reposicionamiento genera inconformidad por parte de algunos actores sociales, en particular en aspectos de definición territorial y de administración de la justicia, por la pluralidad existente en territorios «zapatistas«.

A nivel nacional, representantes del Congreso Nacional Indígena se comprometen a continuar el ejemplo de los zapatistas, promoviendo la autonomía indígena en todo el país, y defendiendo en la práctica los derechos de los pueblos indios.

Frente a este reposicionamiento, el discurso del gobierno oficial parece haberse dirigido a entender que las Juntas de Buen Gobierno pueden enmarcarse en la Constitución, gracias a la última reforma constitucional indígena que permite las autonomías indígenas.

A 20 años de la fundación del EZLN y casi 10 años del levantamiento armado de enero del ’94 en Chiapas, las perspectivas de reanudación de un proceso de negociación parecen cada vez más remotas cuando cada una de las partes se mueve en función de estrategias, tiempos e intereses claramente diferenciados.