Am 1. Januar nehmen mehr als 20.000 Mitglieder indigener zapatistischer Unterstützungsbasen die Stadt San Cristóbal ein. Die EZLN bricht ihr Schweigen und verurteilt die drei großen politischen Parteien, die Abkommen von San Andrés mit dem gebilligten indigenen Gesetz verraten zu haben.

In den folgenden Monaten veröffentlicht sie einen „Kalender des Widerstandes“. In zwölf Dokumenten stellt der Subkommandant Marcos eine Radiographie der Kämpfe vor, die im Rest Mexikos bestehen (er geht darin denselben Weg zurück, dem der Marsch der Farbe der Erde gefolgt war).

Nach Monaten von Spannungen und Drohungen unterzeichnen Staatsregierung und Führungskräfte der Lakandonen im Mai einen Waffenstillstand, um Vertreibungen der Gemeinschaften des Naturschutzgebietes Montes Azules nicht zu verwirklichen. Auch wenn danach keine Gewalttaten registriert werden, tragen die wiedersprüchlichen Reden verschiedener politischer Instanzen zu hohen Spannungen in der Zone bei.

Während der gesetzgebenden Wahlen im Juli werden in indigenen Zonen in Chiapas Gewalttaten registriert, insbesondere in San Juan Cancuc, Zinacantán und Chenalhó. Auf Bundesebene registriert man bei den Kongresswahlen die stärkste Wahlenthaltung der jüngsten Geschichte des Landes.

Gleichzeitig kündigt die EZLN eine Reihe von Änderungen an, die ihre interne Struktur und ihre Beziehung zur nationalen und internationalen Zivilgesellschaft betreffen. Es erscheinen sieben Dokumente, die die „Dreizehnte Stele bilden“.

Um die Autonomie aufzubaün, die in den Abkommen von San Andrés vereinbart wurde, gibt es vom 8. bis 10. August einen feierlichen Akt in der zapatischen Gemeinde Oventik. Die Führung der EZLN kündigt das Verschwinden der Aguascalientes und die Schaffung von Caracoles und der Juntas guter Regierung (JBG) an.

Die EZLN kündigt auch den Abbau von Straßenblockaden und Steürn in von ihr kontrollierten Gebieten an. Dies soll ein Zeichen des guten Willens gegenüber den nichtzapatistischen Gemeinden darstellen. Die EZLN wird aber weiterhin die autonomen Gemeinden verteidigen.

Der Aufbau der JBG bedeutet eine Veränderung in den Beziehungen der zapatistischen Territorien nach innen und nach außen. Nicht alle sind mit den Zapatisten einverstanden. Besonders das Aufstellung von Schildern, die auf die autonomen Gemeinden verweisen, uder die Ausübung der zapatistischen Justiz sind umstritten.

Auf nationaler Ebene verpflichten sich Vertreter des Nationale Indigenen Kongresses (CNI), dem Beispiel der Zapatisten zu folgen. Sie verbreiten die Idee der indigene Autonomie im ganzen Land und verteidigen die Umsetzung der Rechte indigener Völker.

Im offiziellen Diskurs erklärt die Regierung, die JBG könnten nach dem verabschiedeten Indígena-Gesetz legal sein. Aber die EZLN erkennt dieses Gesetz nicht an und lässt wissen, dass man die Abkommen von San Andrés einfach in zapatistischen Territorien anwende.