Le 1^er janvier, plus de 20 mille indigènes bases de soutien zapatistes « prennent » la ville de San Cristóbal. L’EZLN rompt le silence et condamne les trois principaux partis politiques pour avoir trahi le fond des Accords de San Andrés avec la loi indigène approuvée. Au cours des mois suivants, elle rend public un « Calendrier de la Résistance« , 12 documents par le biais desquels le sous-commandant Marcos présente une radiographie des luttes qui existent dans le reste du Mexique (en reprenant la même route que la Marche de la Couleur de la Terre avait suivie).

En mai, après plusieurs mois de tension suite au menaces d’expulsion, le gouvernement de l’état du Chiapas et les dirigeants lacandons signent une trêve pour ne pas réaliser d’expulsion des communautés de la réserve de la biosphère de Montes Azules. Même si à partir de cela, la violence diminue, les discours contradictoires de la part des différentes instances gouvernementales contribuent à maintenir la tension dans la zone.

En juillet, plusieurs actions violentes ont lieu au Chiapas durant les élections législatives en particulier à San Juan Cancuc, Zinacantán et Chenalhó. A échelle fédérale, on enregistre le plus fort taux d’abstentionnisme dans l’histoire récente du pays.

Parallèlement, l’EZLN annonce une série de changements quant à son fonctionnement interne et sa relation avec la société civile nationale et internationale (sept documents qui forment la « Treizième Stèle« ). Pour mettre en place l’autonomie établie dans les Accords de San Andrés, lors d’un acte célébré à Oventik, le commandement de l’EZLN annonce la disparition des Aguascalientes, la création des caracoles et des Comités de Bon Gouvernement. Chacun des 5 Comités de Bon Gouvernement est formé par un ou deux délégués de chacun des Conseils autonomes de la zone, couvrant ainsi les 30 Municipalités Autonomes Rebelles Zapatistes. Le projet zapatiste semble plus que jamais de résistance et non pas militaire, et opte pour une attitude proactive de désobéissance civile en se proposant d’assumer des fonctions de gouvernement de manière toujours plus explicite.

A Oventik, l’EZLN annonce le retrait des barrages et des péages sur les routes et chemins sous leur contrôle, comme un geste de bonne volonté en direction des communautés non zapatistes. L’EZLN continuera cependant à fonctionner dans le cadre de la défense des municipalités autonomes.

La création des JBG marque le début d’une nouvelle étape de recomposition des relations à l’intérieur et à l’extérieur des territoires zapatistes. En dépit du message conciliateur lancé aux non zapatistes, la redéfinition de ces territoires n’est pas allée sans générer des tensions avec d’autres acteurs sociaux, en particulier autour des thèmes de redéfinition territoriale et l’administration de la justice du fait de la pluralité existante dans les dits territoires.

A échelle nationale, les représentants du Congrès National Indigène se compromettent à suivre l’exemple des zapatistes, en promouvant l’autonomie indigène dans tout le pays, et en défendant les droits des peuples indiens dans la pratique.

Face à cela, le discours du gouvernement fédéral a cherché à affirmer que les comités de bon gouvernement peuvent s’intégrer dans la Constitution, grâce à la dernière réforme constitutionnelle qui reconnaît l’autonomie indigène.

A 20 ans de la fondation de l’EZLN et à près de 10 ans du soulèvement armé du 1er janvier 1994 au Chiapas, les perspectives de reprise d’un processus de négociation semblent toujours plus lointaines quand chacune des deux parties dans le conflit répond à une stratégie, une conception du temps et des intérêts clairement différenciés.