En enero de 2005, en el marco de una visita a Chiapas, el Presidente Vicente Fox afirmó que el EZLN era un tema que «prácticamente está quedando ya en el pasado y todo el mundo está viendo adelante». Estas palabras demostraron que el EZLN ya no era el mayor problema del gobierno, más ocupado por el contexto pre-electoral, el creciente poder del narcotráfico y pendientes legislativos más prioritarios para su administración.

En enero también, ante la toma de posesión de las nuevas autoridades municipales, se llevaron a cabo manifestaciones, bloqueos de carreteras y enfrentamientos en Oxchuc, Tila, Sabanilla entre otros municipios. En Tila (zona Norte), el PRI como la Alianza PRD-PT declararon su victoria. El Tribunal Electoral del Poder Judicial terminó dando la victoria al PRI. El 15 de febrero, el plantón instalado por los opositores frente al palacio municipal fue desalojado violentamente con la participación de al menos 800 elementos policíacos. 54 personas fueron detenidas. El párroco de Tila advirtió que la tensión se había reavivado de por sí en la región por los problemas postelectorales y la reactivación del grupo acusado de paramilitar ‘Paz y Justicia’.

En febrero, el Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de las Casas hizo pública une queja sobre violaciones de derechos humanos en la zona Norte que había presentado ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos en octubre del 2004. Denunció la persistente impunidad, caldo de cultivo de nuevos conflictos: no se han desmantelado ni desarmado las estructuras paramilitares, no se han sancionado a los responsables materiales e intelectuales, no se han reparado los daños a las victimas. En días posteriores al desalojo en Tila, calificó de «tardía e insuficiente» la detención de Samuel Sánchez Sánchez, fundador y dirigente de ‘Paz y Justicia‘.

A nivel nacional, el 7 de abril la Cámara de Diputados decidió retirar la inmunidad del jefe del Gobierno del Distrito Federal de México, Andrés Manuel López Obrador y separarlo de su cargo, para que éste pudiese quedar sujeto a un proceso penal por un supuesto desacato. Se consideró una acción política para dejar a López Obrador, líder del PRD y favorito en las encuestas, fuera de las próximas elecciones presidenciales. También se cuestionó el papel desempeñado en este proceso por el Vicente Fox, su partido, el PAN y por el PRI. A finales de abril y frente a la masiva presión popular, ya no procedió.

El 20 de junio, el EZLN decretó una Alerta Roja, lo cual significó el cierre de las estructuras autónomas civiles (Caracoles) y el acuartelamiento de los insurgentes zapatistas. Paralelamente declararon la ruptura de los contactos existentes entre la estructura civil zapatista y las instituciones gubernamentales del estado de Chiapas.

Poco antes de la Alerta Roja, se dieron inusuales reagrupaciones de bases militares y policíacas en Chiapas, un hecho sin precedente desde 2001. El mismo 20 de junio, la Secretaría de la Defensa Nacional informó que había realizado un operativo en el que se destruyeron 44 plantíos de marihuana en territorio zapatista. Pronto se evidenció que dicho operativo se había realizado fuera de la «zona de conflicto«, en municipios que no tienen presencia zapatista. La Secretaria de Gobernación tuvo que desmentir la vinculación.

Llegaron varios otros comunicados después de la Alerta Roja (que se levantó hasta el 11 de julio):

• Anunciando la reestructuración política y militar interna del EZLN;
• Aclarando que la Alerta Roja había sido una «medida preventiva» para proteger una consulta interna (en referencia a la ofensiva militar para detener a los comandantes zapatistas durante a otra consulta zapatista en febrero de 1995);
• Informando que tras la consulta de las asambleas comunitarias el EZLN había decidido emprender «una nueva iniciativa política de carácter nacional e internacional» que explicaría a través de la Sexta Declaración de la Selva Lacandona («Sexta«).

La «Sexta» propone la creación de un nuevo «frente amplio» que será impulsado a través de un recorrido nacional que buscará forjar alianzas con grupos políticos y sociales, indígenas, obreros, campesinos, estudiantiles y populares. Se trata de crear conjuntamente «un programa nacional de lucha, pero un programa que sea claramente de izquierda, o sea, anticapitalista» y de caminar hacia una nueva Constitución. También propone organizar un encuentro intergaláctico como el que se llevó a cabo en La Realidad en 1996.

Mientras los principales partidos estaban en elecciones internas para definir sus candidatos para las elecciones presidenciales, el EZLN lanzó la ‘Otra Campaña’. Rompió su relación con dichos partidos. Después de lo que los zapatistas llaman la «traición» legislativa en 2001, cuando el congreso aprobó una reforma constitucional que difiere de los Acuerdos de San Andrés, considera que no hay nada que negociar con «los de arriba«, las instituciones y los partidos políticos. Este posicionamiento de la Sexta con relación a los partidos generó polémica y en algunos casos rupturas. Según el EZLN, la posición de votar por el «menos peor» no es opción. Sin embargo, la Sexta no es un llamado al abstencionismo.

Frente a la crisis de la democracia representativa, y en ruptura con la institucionalidad, el zapatismo propone, más que una estrategia, una metodología basada en la escucha, construida desde abajo por los de abajo y para los de abajo: la Otra Campaña. Se organizaron varias reuniones entre el EZLN y la sociedad civil en Chiapas en agosto y septiembre para preparar la salida de la Otra Campaña a través del país. En la primera sesión plenaria, llegaron 2069 personas en el Caracol de La Garrucha.