1º de enero: Inicia la gira nacional del Delegado Zero en San Cristóbal de las Casas donde varios comandantes y miles de bases de apoyo del EZLN se congregan para despedir al Subcomandante Marcos.

Marzo: el secretario de Gobernación, Carlos Abascal Carranza, se reúne con los legisladores que integran la Comisión de Concordia y Pacificación (COCOPA, comisión creada para coadyuvar en los diálogos entre el gobierno y los zapatistas). Afirma que «superadas las circunstancias de excepción que tuvieron lugar en Chiapas, ha dejado de existir en esa entidad la denominada «zona gris». Informa que actualmente el Ejército mexicano atiende en Chiapas únicamente las necesidades de esta entidad derivadas del hecho de tratarse de un estado fronterizo.

Finales de abril: el presidente municipal de Tuxtla Gutiérrez, Juan Sabines Guerrero, anuncia su renuncia al PRI. Unos días después es nombrado candidato a gobernador de Chiapas por parte del PRD.

3 de mayo: Un conflicto de ocho vendedores ambulantes de flores con policías de la ciudad de Texcoco (estado de México) debido a la prohibición del alcalde perredista de que dichos vendedores se instalaran en un territorio concesionado para la construcción de un almacén Walmart deriva en una violenta confrontación, misma en la que están involucrados integrantes del Frente de Pueblos en Defensa de la Tierra (FPDT) de San Salvador Atenco, perteneciente a La Otra Campaña. El balance de dos operativos policiacos posteriores es de dos muertos (un menor de edad el mismo día y en junio, de otro joven que había sido herido en la cabeza por una granada de gases lacrimógenos), varios heridos, 211 detenidos y 5 extranjeros deportados. Más de 20 mujeres fueron ultrajadas sexualmente y 7 de ellas violadas por elementos de las fuerzas estatales de seguridad durante su traslado a la cárcel. 28 de los 211 detenidos son acusados de delitos graves (secuestro equiparado de funcionarios).

El mismo día de los hechos, el Delegado Zero (Subcomandante Marcos) suspende su gira nacional y determina permanecer en la Ciudad de México hasta que sean liberadas todas las personas detenidas. Inmediatamente se declara una Alerta Roja en territorios zapatistas en Chiapas.

Junio: el movimiento magisterial de Oaxaca moviliza a más de 40 mil maestros en un plantón que recibe adhesiones de amplios sectores sociales del estado. Inicia por demandas gremiales, pero termina incorporando y priorizando la exigencia de la renuncia del gobernador priísta Ulises Ruiz, a quien la mayoría de las organizaciones sociales del estado consideran responsable de la actividad represiva de las fuerzas de seguridad. Se conforma la Asamblea Popular de los Pueblos de Oaxaca (APPO).

Enero-Julio: la campaña electoral para las elecciones federales se caracteriza por una gran tensión. Se dan constantes descalificaciones personales y las demás fuerzas presentan al candidato que parecía favorito (por un estrecho margen), Andrés Manuel López Obrador (AMLO), como un peligro para México, promoviendo así «el voto del miedo». Especialmente delicadas son las participaciones en esta campaña anti-AMLO del sector empresarial, que financia una costosa campaña, y del propio presidente Vicente Fox, que interviene a favor del candidato del PAN, Calderón, convirtiendo así según algunos analistas las elecciones federales en «elecciones de Estado».

2 de julio: tienen lugar elecciones federales en México. Sin embargo, en la noche de aquel día, el Instituto Federal Electoral (IFE) – autoridad electoral encargada del conteo de los votos- se declara incapaz de nombrar al ganador, debido al escaso margen de diferencia entre los dos punteros, y posterga el anuncio de las tendencias. En los siguientes días se realiza un conteo por distritos, que da por ganador a Calderón frente a Andrés Manuel López Obrador (AMLO) por un margen menor al 1%. Se presentan impugnaciones al Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF).

5 de agosto: Violento operativo policiaco de desalojo en contra de 30 familias zapatistas de la comunidad de Ch’oles de Tumbalá, municipio autónomo El Trabajo (Palenque), acusadas de despojo de propiedad privada.

Abril-agosto: El proceso electoral chiapaneco en su conjunto estuvo plagado de irregularidades: compra, manipulación y coacción del voto por parte de PRI, PRD y PAN; injerencia directa del gobernador Salazar Mendiguchía, uso electoral de programas sociales (incluyendo fondos destinados a la reconstrucción tras el paso del huracán Stan) por parte del gobierno estatal para favorecer al candidato Juan Sabines, así como un constante cambio de filiación partidaria por parte de connotados personajes políticos.

20 de agosto: Elecciones a gobernador del estado en Chiapas. Juan Sabines Guerrero gana por un margen muy estrecho (0.55%), con votos a su favor que representan apenas la quinta parte del total del electorado.

1º de septiembre: En el marco del sexto y último informe presidencial, el Palacio legislativo está rodeado por un cerco militar, con la presencia de 8 mil elementos de la Policía Federal Preventiva (PFP) y del Estado Mayor Presidencial, apoyados con tanquetas y francotiradores. En rechazo a esta presencia militar, congresistas del PRD y del PT ocupan la Tribuna. El presidente Fox opta por entregar su informe por escrito en el vestíbulo del Palacio Legislativo.

5 de septiembre: El TEPJF declara presidente electo a Felipe Calderón por unanimidad. Desecha todas las denuncias presentadas por la Coalición para el Bien de Todos. Acredita las relativas a la injerencia de Fox a favor de Calderón, así como la relativa a la difusión de mensajes del sector empresarial que impactaron negativamente en la campaña de AMLO. Sin embargo, afirma que «no se podía determinar el impacto electoral -si es que lo hubo- de ambas acciones».

16 de septiembre: En el día de conmemoración de la Independencia Nacional, se realiza la Convención Nacional Democrática (CND) en presencia de más de un millón de delegados de todo el país. Proclaman presidente legítimo a AMLO y aprueban un Plan de 6 puntos: desconocer a Calderón; dar posesión a AMLO como presidente el 20 de noviembre; autorizarle a conformar su gabinete; desarrollar acciones de resistencia a corto plazo e impedir la toma de posesión de Felipe Calderón el 1 de diciembre; mantener la CND con reuniones periódicas e integrar tres comisiones de coordinación: de «Política Nacional», de «Resistencia Civil» y de «Organización del Plebiscito y el Constituyente».

8 de octubre y el 30 de noviembre: reinicia la gira del delegado 0 por los 11 estados que no se habían cubiertos antes de mayo.

29 de octubre: la Policía Federal Preventiva (PFP), es enviada por el gobierno federal, a Oaxaca. Desde temprana hora la PFP entra en la ciudad y toma el control de la plaza central durante la noche.

13 de noviembre: se suscita una agresión armada perpetrada por cientos de campesinos de la Comunidad Lacandona en contra de 17 familias asentadas en el poblado Viejo Velasco Suárez en la Selva Lacandona. Esta agresión, en medio de una gran confusión sobre el número de víctimas y sobre su posible pertenencia al EZLN, tiene un saldo de 4 muertos, entre ellos una mujer con embarazo de 6 meses y 4 desaparecidos, presuntamente ejecutados.

20 de noviembre: Toma de posesión de Andrés Manuel López Obrador como presidente legítimo.

25 de noviembre: se enfrentan agentes de la PFP con miembros de la APPO que marchaban hacia el centro histórico de la capital del estado. El saldo, es de más de 140 heridos, tres de ellos periodistas, 140 detenidos y numerosos inmuebles públicos y privados, así como autos incendiados.

1º de diciembre: Toma de posesión de Felipe Calderón como presidente frente a un Congreso polarizado y en medio de un fuerte operativo policíaco-militar.

8 de diciembre: Toma de posesión de Juan Sabines Guerrero como gobernador del estado de Chiapas.

16 de diciembre: La PFP se retira del centro histórico de la ciudad de Oaxaca y al día siguiente 43 de personas presuntamente vinculadas a la APPO que se encontraban en prisiones del estado de Nayarit son liberadas.

18 de diciembre: La Comisión Nacional de los Derechos Humanos (organismo público autónomo) publica un documento sobre los hechos de violencia en Oaxaca con los siguientes saldos desde su comienzo: 349 personas detenidas, 370 lesionados y 20 fallecidos.

22 de diciembre: En el 9º aniversario de la masacre de Acteal (donde murieron 45 indígenas), el gobernador de Chiapas Sabines Guerrero anuncia la creación de una fiscalía especial para investigar el caso.