14 de junio: El plantón de la sección 22 del Sindicato Nacional de Trabajadores de la Educación (SNTE) que ocupaba el centro histórico de la ciudad de Oaxaca desde el 22 de mayo es violentamente reprimido, dejando un saldo de 4 muertos y 92 heridos.

17-21 de junio: Frente a la represión y con participación de amplios sectores sociales más allá del magisterio, se constituye la Asamblea Popular de los Pueblos de Oaxaca (APPO).

Julio: Bajo la influencia de la APPO, unos movimientos populares establecen gobiernos populares en los consejos de casi 30 municipios. Dejan de reconocer a los presidentes electos, quienes son en su mayoría, integrantes del PRI.

16 y 17 de agosto: El Foro Nacional Construyendo la Democracia y la gobernabilidad en Oaxaca cuenta con la presencia de 1500 personas de todas las regiones del estado. Su principal propósito fue analizar la coyuntura y proponer alternativas de solución.

30 de agosto: Seis grupos, supuestamente guerrilleros, presentan un manifiesto en cual amenazan con realizar «acciones fuertes» si el gobierno estatal y federal usa la fuerza para reprimir al movimiento popular. Algunos analistas consideran este manifiesto como propaganda del mismo gobierno estatal, con el propósito de justificar acciones represivas así como la militarización de la Sierra Norte.

4-8 de septiembre: una misión civil de observación en Oaxaca es convocada por la Red Oaxaqueña de Derechos Humanos (RODH) y la Red Nacional Todos los Derechos para Todos y Todas. Integrada por 16 organizaciones locales, nacionales e internacionales, incluido SIPAZ, la delegación visita la ciudad de Oaxaca y algunos municipios con el objetivo de constatar la realidad que vive el estado de Oaxaca y documentar violaciones a los derechos humanos.

Septiembre: Una negociación empieza entre la Secretaría de Gobernación, la APPO y la Sección 22 del SNTE, sin llegar a resultados significativos: la APPO y el magisterio siguen exigiendo la renuncia de Ulises Ruiz como un punto no negociable, mientras la Secretaría de Gobernación plantea la posibilidad de «transformación profunda del gobierno estatal» sin la destitución del gobernador.

4 de octubre: se realiza una reunión en la Secretaría de Gobernación en la que se debía celebrar un «pacto por la gobernabilidad, la Paz y el desarrollo en Oaxaca», mismo que no se pudo lograr.

12 de octubre: Se lanza la iniciativa ciudadana de diálogo por la paz, la democracia y la justicia en Oaxaca en presencia de unas 2000 personas. Se aprueba la Declaración de Santo Domingo y se instalan 6 mesas de trabajo:

• Mesa 1: Nueva Democracia y gobernabilidad (la crisis política)
• Mesa 2: Economía social y solidaria (la crisis económica)
• Mesa 3: Hacia una nueva educación (la crisis educativa)
• Mesa 4: Armonía, justicia y equidad social (la crisis social)
• Mesa 5: Patrimonio histórico, cultural y natural en Oaxaca
• Mesa 6: Medios de comunicación al servicio de los pueblos

27 de octubre: se da una serie de hechos violentos durante los que son asesinadas 4 personas (entre ellas un periodista norteamericano, Bradley Will) y resultan heridas varias más en distintas partes de la ciudad de Oaxaca. Según organizaciones de derechos humanos locales existen evidencias de la participación de policías locales así como de grupos organizados, entrenados y armados por el gobierno estatal para realizar acciones violentas en contra de movimientos opositores al gobierno local.

29 de octubre: la Policía Federal Preventiva (PFP) es enviada por el gobierno federal a Oaxaca. Desde temprana hora entra en la ciudad y toma el control de la plaza central durante la noche.

30 de octubre: Ulises Ruiz reitera su posición, afirmando que una eventual licencia al cargo «no es ni la discusión, ni la solución a la crisis política en el estado». Posteriormente, el pleno de la Cámara de diputados federales aprueba —a excepción del PRI y del PVEM— un punto de acuerdo para exhortar al gobernador Ulises Ruiz a pedir licencia o renunciar al cargo. Inmediatamente, el gobierno de Oaxaca interpone una controversia constitucional contra dicho punto de acuerdo por exceder las facultades de esta Cámara.

El Senado de la República que anteriormente había rechazado la desaparición de poderes en Oaxaca, le pide por unanimidad (incluido el PRI) al gobernador Ulises Ruiz que «reconsidere separarse del cargo para contribuir al restablecimiento de la gobernabilidad, la normalidad y la paz». Invita a todas las partes, sin excepción, a contribuir al retorno de la paz en la entidad.

2 de noviembre: La entrada de la PFP marca un cambio en la situación del conflicto prolongado en Oaxaca sin llevar a su solución de fondo. Así, a partir del 2 de noviembre hay enfrentamientos violentos en los alrededores de la ciudad universitaria de Oaxaca entre integrantes de la APPO y la PFP, con el control de Radio Universidad como uno de los puntos más calientes de los enfrentamientos.

6 de noviembre: grupos guerrilleros hacen estallar varias bombas en la capital del país, atacando bancos, el tribunal electoral y una sede del PRI. Justifican su acción en protesta contra el fraude electoral y contra la represión en Oaxaca y Atenco.

A lo largo de la semana siguiente, la APPO intensifica sus acciones, llamando a una «nueva ofensiva general» y volviendo a realizar movilizaciones populares masivas (contando decenas de miles de personas), exigiendo la renuncia/destitución de Ulises Ruiz y el retiro de las tropas federales. También se dan expresiones de solidaridad con la APPO en varias ciudades de Europa, Norteamérica y Sudamérica, así como en la Ciudad de México. Sin embargo, el Secretario de Gobernación decide dar tiempo a Ulises Ruiz, pidiendo que se concediera una oportunidad a éste para que presente su «plan de reconciliación«.

13 de noviembre: la APPO presenta su plan de acción, que contempla la formación de un consejo de 250 miembros, reinstalar barricadas y retomar edificios públicos e impedir la toma de posesión de Calderón el 1 de diciembre si no se destituye antes a Ulises Ruiz.

25 de noviembre: se enfrentan agentes de la PFP con miembros de la APPO que marchaban hacia el centro histórico de la capital del estado. El saldo es de más de 140 heridos, tres de ellos periodistas, 140 detenidos y numerosos inmuebles públicos y privados, así como autos incendiados.

27 de noviembre: integrantes de la APPO aprehendidos durante los enfrentamientos del día 25 de noviembre con la Policía Federal Preventiva son trasladados del penal de Miahuatlán, Oaxaca, y al Cereso de San José del Rincón, Nayarit . Otros activistas son llevados al Centro Federal de Máxima Seguridad de Matamoros, Tamaulipas. Estas dos últimas prisiones se encuentran a más de mil kilómetros de distancia de la ciudad de Oaxaca.

1 de diciembre: Felipe Calderón Hinojosa es nombrado presidente de México y rinde protesta en un Palacio Legislativo sitiado por las fuerzas de seguridad y en un clima de tensión y enfrentamiento. En Oaxaca se convoca a una marcha a la que asisten unas 5,000 personas.

4 de diciembre: Flavio Sosa, uno de los 264 consejeros de la APPO, y tres otros dirigentes son detenidos en la ciudad de México por medio de una orden de aprehensión librada por un juzgado federal por los delitos de sedición, ataques a las vías generales de comunicación e incitación a la violencia. El dirigente de la APPO es llevado al penal de máxima seguridad del Altiplano, antes La Palma, en Almoloya de Juárez, estado de México.

16 de diciembre: la PFP se retira del centro histórico de la ciudad de Oaxaca. El control pasa a las policías estatales.

17 de diciembre: liberan a 43 presos que habían sido detenidos por la PFP y que se encontraban en el penal de mediana seguridad de San José del Rincón, Nayarit.

18 de diciembre: la CNDH presenta su informe preliminar sobre los hechos de violencia en Oaxaca. Según la comisión: «En el estado y, principalmente, en la ciudad capital se mantiene la situación de conflicto, y no existen las condiciones necesarias y suficientes para la vigencia y observancia de los derechos fundamentales». Las mil 211 quejas recibidas por la CNDH tienen que ver con el «supuesto uso indebido de la fuerza pública, detenciones arbitrarias, incomunicación, desaparición de personas, daños, lesiones, amenazas y cateos ilegales». Haciendo balance del conflicto desde su comienzo en el mes de junio, presenta como balance: 349 personas detenidas, 370 lesionados y 20 fallecidos.

2 de diciembre: Se crea en Oaxaca una nueva sección sindical magisterial, la 59, integrada por maestros opositores a la Sección 22, así como a sus «movilizaciones y huelgas constantes». Se ha visto vinculada a la polémica líder sindical Elba Ester Gordillo (ex secretaria general del PRI quien fue expulsada de dicho partido en 2006).