El 2 de julio tuvieron lugar elecciones presidenciales en México. El escaso margen de diferencia entre los dos punteros no permitió declarar un ganador en la noche electoral. Finalmente, el Instituto Federal Electoral (IFE) declaró ganador a Felipe Calderón (PAN) frente a Andrés Manuel López Obrador (Coalición por el Bien de Todos) por un estrechísimo margen y en medio de acusaciones de fraude. Se presentaron impugnaciones, finalmente desestimadas, al Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación.

López Obrador convocó multitudinarias movilizaciones que paralizaron la ciudad de México durante meses, culminando en la Convención Nacional Democrática (CND) que lo nombró «presidente legítimo» ante la presencia de cientos de miles de personas en septiembre.

Después de una campaña caracterizada por diversas irregularidades, el 20 de agosto, Juan Sabines Guerrero (representando a la Coalición por el Bien de Todos pese a ser alcalde de la capital de Chiapas por el PRI hasta pocos días antes del comienzo de la campaña) ganó las elecciones a gobernador también por un margen muy estrecho.

El 1º de enero, arrancó la gira nacional de la Otra Campaña encabezada por el «Delegado Zero» (Subcomandante Marcos). En mayo, miles de agentes de policía desalojaron en San Salvador Atenco, Estado de México, a un grupo de floricultores que se manifestaban contra los planes de construir un supermercado en el terreno que utilizaban para la venta de flores. Se desató un violento enfrentamiento que provocó la muerte de dos personas y la detención de cientos de personas. La policía fue acusada, entre otras violaciones de derechos humanos, de abusar sexualmente de decenas de mujeres. Frente a estos actos, el Subcomandante Marcos declaró una Alerta Roja en Chiapas y el recorrido de La Otra Campaña fue suspendido hasta octubre.

En marzo, el secretario de Gobernación declaró que ya no existe un estado de excepción en Chiapas por el conflicto armado. Aseguró que el Ejército mexicano atiende únicamente las necesidades de Chiapas por ser un estado fronterizo. Las ONGs locales por su parte reportan la presencia de 70 campamentos militares permanentes tan sólo en el territorio indígena de Chiapas.

Continúan los conflictos principalmente con un perfil agrario. En la comunidad Choles de Tumbala, 30 familias zapatistas fueron desalojadas en agosto. En noviembre, 17 familias de Viejo Velasco (Selva Lacandona) fueron agredidas por cientos de campesinos de la Comunidad Lacandona. 4 personas fueron asesinadas y 4 desaparecidas, presuntamente ejecutadas. A lo largo de 2006, la violencia también se expresó a través de por lo menos 20 casos de amenazas y hostigamiento contra activistas y defensores de derechos humanos en Chiapas.

En Oaxaca, el movimiento magisterial movilizó a más de 40 mil maestros en un plantón, que, aunque inició por demandas gremiales, terminó incorporando a múltiples organizaciones y movimientos sociales del estado y priorizando la exigencia de la renuncia del gobernador priísta Ulises Ruiz. La movilización se conformó en la Asamblea Popular de los Pueblos de Oaxaca, APPO. Se denunciaron numerosas violaciones de derechos humanos contra el movimiento por parte de fuerzas policíacas estatales y federales, entre ellas varios homicidios y desapariciones, además de numerosas detenciones irregulares.