Am 2. Juli fanden die Präsidentschaftswahlen in Mexiko statt. Wegen des geringen Unterschieds der Wählerstimmen konnte der Sieger in der Wahlnacht noch nicht bekannt gegeben werden. Letztendlich jedoch erklärte das Nationale Wahlinstitut IFE Felipe Calderón (PAN), zum Sieger gegenüber Andrés Manuel López Obrador (Bündnis zum Wohl Aller). Er gewann nur extrem geringen Vorsprung und wurde außerdem wegen Wahlbetrugs angeklagt. Die Einsprüche gegen das Wahlergebnis wurden allerdings vom obersten Wahltribunal abgewiesen.

López Obrador rief zu Massenmobilisierungen auf, welche Mexiko Stadt über Monate lahm legten. Der Höhepunkt dieser Proteste war die Gründung einer Nationalen Demokratischen Konvention (CND) welche ihn im September unter Anwesenheit von Tausenden zum „legitimen Präsidenten“ ernannte.

Nach einem Wahlkampf der von Ungereimtheiten geprägt war, gewann Juan Sabines Guerrero (repräsentiert das Bündnis zum Wohl Aller, obwohl er bis wenige Tage vor Beginn des Wahlkampfes PRI Bürgermeister der Landeshauptstadt Tuxtla gewesen war) am 20. August die Gouverneurswahlen in Chiapas, ebenfalls mit sehr geringem Vorsprung.

Am 1. Januar begann die nationale Rundreise der „anderen Kampagne„, angeführt durch den „Delegierten Null“ (Subkommandant Marcos). Im Mai lösten tausende Polizisten in Texcoco, Bundesstaat Mexiko, eine Kundgebung einer Gruppe von Blumenverkäufern auf, welche sich gegen den Bau eines Supermarktes auf dem von ihnen beanspruchten Blumenverkaufsgelände stellten. Dies führte zu gewalttätigen Zusammenstößen der Polizei mit den BewohnerInnen von San Salvador Atenco, die sich mit den Blumenverkäufern solidarisiert hatten. Zwei Personen kamen ums Leben und Hunderte wurden verhaftet. Die Polizei wird zahlreicher Menschenrechtsverletzungen, darunter sexueller Vergehen an dutzenden Frauen, beschuldigt. Subkommandant Marcos rief deshalb „roten Alarm“ in Chiapas aus, und unterbrach seine Rundreise bis Oktober.

Im März erklärte der Innenminister den Ausnahmezustand wegen des bewaffneten Konflikts in Chiapas für beendet. Er versicherte, das Militär sei nur in Chiapas, da dieser ein Grenzstaat ist. Lokale NGOs hingegen sprechen von 70 Militärlagern, allein schon in den indigenen Gebieten.

Die Landkonflikte gehen weiter. Im August wurden, in der Gemeinde Choles de Tumbala, 30 zapatistische Familien vertrieben. Im November wurden 17 Familien in Viejo Velasco (lakandonischen Urwald) von hunderten Bauern der „Comunidad Lacandona“ angegriffen. Einigen Berichten zufolge gab es 4 Tote (darunter eine schwangere Frau), sowie 4 Entführungen, die angeblich auch in Hinrichtungen endeten.

Die Gewalt drückte sich über das Jahr 2006 außerdem durch 20 Fälle von Drohungen und Einschüchterungen gegen MenschenrechtsverteidigerInnen in Chiapas aus.

Die Lehrerbewegung Oaxacas mobilisiert über 40 000 Lehrer zu einer Mahnwache, der sich weite soziale Bereiche des Bundesstaates anschliessen. Was mit Gewerkschaftsforderungen begann, endete vor allem mit der Forderung nach dem Rücktritt des Gouverneurs Ulises Ruis (PRI). Die meisten sozialen Organisationen Oaxacas geben ihm die Verantwortung für repressive Aktivitäten der Sicherheitskräfte. Sie gründeten die Volksversammlung der Völker Oaxacas, APPO (Asamblea Popular de los Pueblos de Oaxaca).

Der Staats- und Bundespolizei werden außerdem zahlreiche Menschenrechtsverletzungen gegen diese Bewegung vorgeworfen, darunter Mord, Entführungen und willkürliche Verhaftungen.