1 de enero: 20 comunidades de la región indígena triqui conforman el municipio autónomo de San Juan Copala, que se regirá bajo usos y costumbres indígenas con el objetivo de evitar la corrupción y la violencia provocados por el sistema oficial de partidos. Sus dirigentes forman parte de la APPO y denuncian amenazas de muerte por parte de las autoridades estatales.

17 de enero: La Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) resuelve admitir la controversia constitucional interpuesta por el gobernador de Oaxaca, Ulises Ruiz, contra el exhorto que le hizo la Cámara de Diputados para que solicitara licencia o renunciara al cargo a finales de octubre.

24 de enero: la Comisión Permanente del Congreso de la Unión constituye una comisión especial de legisladores que verificará las violaciones a los derechos humanos, así como la situación legal y política de los ciudadanos oaxaqueños encarcelados por el gobierno de Ulises Ruiz por su presunta militancia en la APPO.

12 de febrero: La APPO toma la decisión de no participar como organización en las elecciones locales (para el congreso en Oaxaca) y municipales por realizarse este año, aunque se llega al acuerdo de promover un voto de castigo en contra del PRI y del PAN por su papel en la represión contra el movimiento.

23 de febrero: La Sección 22 del SNTE ocupa más de 30 oficinas de la administración estatal por unos días. Exige que se respete el acuerdo negociado con el gobierno federal en octubre de 2006.

18 de marzo: Se desaloja el plantón instalado por la APPO desde el 9 de octubre de 2006 enfrente del Senado de la República en México DF. Integrantes del plantón denuncian agresiones y robos durante el desalojo y acusan al gobierno del DF (del PRD) de ser cómplice de Ulises Ruíz.

22 de marzo: El Secretario de Gobernación, Ramírez Acuña, asegura que la administración de Felipe Calderón cumplirá con los acuerdos con la APPO y la Sección 22 del magisterio que fueron firmados por la pasada administración (Fox). La APPO instala otro plantón frente a las oficinas de la Procuraduría General de la República en Oaxaca como una muestra de su solidaridad con la familia de Brad Will y para exigir el esclarecimiento de los asesinatos perpetrados durante el conflicto en 2006.

3 de abril: La Asamblea Popular del Pueblo Regional de la Mixteca, apoyada por la APPO, se establece en una de las regiones con mayor presencia indígena del estado.

6 de abril: sale a la luz pública la ruptura interna en el PRD de Oaxaca. Integrantes del PRD presentan por separado ante las autoridades electorales dos coaliciones diferentes. Una, avalada por el PRD estatal y otra avalada por el PRD nacional. El Instituto Estatal Electoral (IEE) acepta sólo la primera, argumentando que el PRD nacional no está legitimado para presentar tal coalición en Oaxaca. El PRD nacional, acusando a la dirigencia estatal del PRD de actuar bajo las órdenes del gobernador Ulises Ruiz, interpone un recurso de impugnación y contempla la expulsión de los perredistas oaxaqueños «rebeldes«. Finalmente su recurso es aceptado y es el Frente Amplio Progresista, la coalición avalada por el PRD nacional que se presentará en las elecciones.

20 y 21 de abril: se realiza en la Ciudad de Oaxaca el Tercer Foro Internacional en Defensa de los Derechos Humanos en Oaxaca.

25 de mayo: el EPR informa que dos de sus integrantes (Edmundo Reyes Amaya y Gabriel Alberto Cruz Sánchez) fueron desaparecidos en Oaxaca en esta fecha.

14 de junio: Los maestros de la Sección 22 e integrantes de la APPO realizan una marcha en conmemoración del desalojo violento del magisterio el año anterior. Se vuelve a instalar un plantón representativo en el Zócalo a partir del 18 de junio.

19 de junio: una disputa por tierras que remonta a 1941 resulta en dos muertos, seis lesionados y ocho desaparecidos después de un enfrentamiento entre el municipio San Miguel Aloapan, identificado con el Partido Revolucionario Institucional (PRI), y la agencia municipal San Isidro Aloapan, vinculada al Consejo Indígena Popular de Oaxaca Ricardo Flores Magón (CIPO-RFM).

27 de junio: se instala una mesa de negociación entre la Sección 22 del magisterio, la APPO y el Secretario General de Gobierno de Oaxaca, Manuel García Corpus. Entre los temas discutidos en las semanas siguientes estarán la revisión de expedientes de los presos todavía encarcelados y la situación jurídica de la gran mayoría de detenidos, que salieron en libertad bajo caución; la entrega de 188 escuelas tomadas por la Sección 59 (contraria a la Sección 22) y la cancelación de las órdenes de aprehensión existentes.

5 de julio: El Movimiento de Unificación y Lucha Triqui (MULT) denuncia la desaparición de dos mujeres en la zona mixteca oaxaqueña: Virginia Ortiz Ramírez y Daniela Ortiz Ramirez, hermanas de 14 y 20 años de edad respectivamente.

10 de julio: el Ejército Popular Revolucionario se declara responsable de 8 cargas explosivas detonadas en los ductos de Petróleos Mexicanos (PEMEX) ubicados en Guanajuato y Querétaro. Afirma que dichas explosiones son partes de una campaña para exigir la aparición con vida de dos de sus miembros desaparecidos en mayo de este año.

16 de julio: Enfrentamientos entre miembros y simpatizantes de la APPO y agentes policíacos provocan 60 heridos y 42 detenidos. El choque ocurre mientras 10 mil personas estaban realizando una Guelaguetza (fiesta tradicional oaxaqueña) Popular.

31 de julio: Amnistía Internacional (AI) publica un informe sobre la situación de los derechos humanos en Oaxaca: «Oaxaca: clamor por la Justicia«.

1 de agosto: Supuestos miembros del EPR estallan un petardo en el sur de la Ciudad de Oaxaca y piden la presentación con vida de sus integrantes Edmundo Reyes Amaya y Gabriel Alberto Cruz Sánchez.

5 de agosto: Se llevan a cabo elecciones para el Congreso Estatal en Oaxaca en un contexto de relativa tranquilidad. Más del 70% de la población no fue a votar. El PRI mantendrá la mayoría en el Congreso.

8 al 11 de agosto: El Presidente de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), Relator para México y Relator sobre los Derechos de las Personas Privadas de Libertad, Florentín Meléndez, realiza una visita al estado de Oaxaca.

30 de agosto: La Procuraduría General de Justicia del Estado (PGJE) detiene a cinco agentes de las policías Preventiva, Municipal de Oaxaca de Juárez y Auxiliar, Bancaria, Industrial y Comercial, por los delitos de lesiones calificadas con ventaja y abuso de autoridad en agravio de Emeterio Marino Cruz, simpatizante de la Asamblea Popular de los Pueblos de Oaxaca (APPO), golpeado el 16 de julio pasado durante un enfrentamiento con corporaciones en inmediaciones del Cerro del Fortín.

7 de octubre: Se realizan elecciones en 152 municipios oaxaqueños que se rigen por el sistema de partidos políticos. La participación (un 64%) comparada con elecciones municipales anteriores se mantiene, aunque este nivel esconde disparidades bastante fuertes. El PRI gana la mayoría de los municipios.

2 de noviembre: Con marchas multitudinarias, la APPO recuerda la incursión de la Policía Federal Preventiva a la ciudad de Oaxaca el año anterior. Por lo menos 19 personas concentradas en el Crucero de 5 Señores que pretendían llevar a cabo un acto político-cultural son detenidas por elementos policíacos. Serán liberados al día siguiente. Más movilizaciones se realizan en la Mixteca, la Cañada, el Istmo y la Costa del estado.

20 de noviembre: Horacio Sosa Villavicencio, dirigente de la APPO es liberado después de casi un año en prisión.

25 de noviembre: Miles de personas, simpatizantes de la APPO y maestros de la Sección 22, se manifiestan para recordar el 25 de noviembre del año pasado cuando se produjeron violentos choques entre las fuerzas de seguridad estatales y Policía Federal Preventiva (PFP) y algunos manifestantes, que se saldaron con 149 detenciones y daños graves en edificios públicos.

27 de noviembre: La Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) decide extender su mandato para investigar la posible violación grave de garantías individuales durante los disturbios de julio pasado en Oaxaca, con motivo de la celebración de la Guelaguetza.

27 de diciembre: se resuelve un tercer amparo a favor de David Venegas, integrante de Voces Oaxaqueñas Construyendo Autonomía y Libertad (VOCAL) y consejero de la APPO, quien había sido detenido por el delito prefabricado de portación de drogas.

30 de diciembre: Lauro Juárez, líder indígena chatino, de 50 años de edad, integrante de la organización social Unión de Campesinos Pobres-Frente Popular Revolucionario (UCP-FPR), desaparece en el lugar donde se celebraba una protesta, a lo largo de la carretera que une la ciudad de Oaxaca y Puerto Escondido.