En el mes de Diciembre, hacia fines del año, el subcomandante Marcos da a conocer un comunicado titulado «Sentir el rojo; el calendario y la geografía de la guerra», donde denuncia la ola de agresiones cernida sobre los territorios zapatistas en los últimos meses, subrayando: «es la primera vez que estas agresiones provienen descaradamente de gobiernos de supuesta izquierda, o que se perpetran con el apoyo sin tapujos de la izquierda institucional y es la primera vez desde aquella madrugada de enero de 1994 que la respuesta social, nacional e internacional, ha sido insignificante o nula». Además, alertó: «Nosotros trataremos de seguir adelante en consolidar el esfuerzo civil y pacífico de lo que todavía se llama La Otra Campaña, y, al mismo tiempo, estar preparados para resistir, solos, la reactivación de las agresiones en nuestra contra, sea con ejército, policías o paramilitares. Quienes hemos hecho la guerra sabemos reconocer los caminos por los que se prepara y acerca. Las señales de guerra en el horizonte son claras».

A lo largo del año, el EZLN mantuvo abiertos varios canales de comunicación con la sociedad civil nacional e internacional. Tres delegaciones de comandantes, comandantas y el propio subcomandante Marcos recorrieron el norte del país desde enero hasta principios de junio. En septiembre, el EZLN anunció la suspensión del recorrido de la Comisión Sexta hacia el sur y centro del país, previsto para los meses de septiembre a diciembre, con el fin de concentrarse en la defensa de sus comunidades. Ciertamente, mientras muchos actores políticos y las primeras planas de los periódicos locales se centraban en el tema de las elecciones municipales de octubre, un creciente número de situaciones de hostigamiento, violencia y desalojo pasaron casi desapercibidos y como hechos aparentemente aislados.

Además de la Otra Campaña, el EZLN realizó tres Encuentros de los Pueblos Zapatistas con los Pueblos del Mundo: en año Nuevo de 2007 en el Caracol de Oventic; en julio, en tres de los cinco Caracoles; y a finales de 2007 y principios 2008, en el Caracol de La Garrucha (que también constituyó el Primer Encuentro de Mujeres Zapatistas con las Mujeres del Mundo). Otro evento clave fue el Encuentro de Pueblos Indígenas de América realizado en octubre en la comunidad Yaqui de Vicam (Sonora). Asistieron 570 delegados indígenas representando a 66 pueblos procedentes de 12 países americanos. Una semana antes de este Encuentro, la delegación zapatista fue detenida en un puesto de revisión militar y de agentes judiciales en Mazatlán, Sinaloa. Después de este hecho, los comandantes zapatistas regresaron a Chiapas, dejando al subcomandante Marcos como el único representante del EZLN durante el evento.

Fuera de los medios alternativos, se mantuvo un vacío mediático alrededor de las acciones llevadas a cabo por los zapatistas o de la represión a la que fueron sujetos. El gobierno federal pareció seguir con la línea de su antecesor en el sentido de minimizar o, de plano, dejar de considerar que existiera un conflicto en Chiapas. Ilustración de ello es que en abril, Luís H. Álvarez, titular de la Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas y ex-Comisionado gubernamental para la Paz en Chiapas señaló que el «EZLN ya no es un interlocutor para el gobierno de Felipe Calderón», ya que, según él, no representa a las comunidades indígenas, ni está integrado por ellas.

Aunque no se hayan resuelto las causas de fondo de las inconformidades sociales expresadas en 2006, en particular en el contexto postelectoral, el nuevo gobierno de Felipe Calderón logró actuar dentro de un aparente regreso a la «normalidad democrática», sosteniendo una estrategia de «mano firme», utilizando a las fuerzas armadas para su implementación. No obstante, los grandes operativos contra el crimen organizado y el narcotráfico no parecieron lograr su cometido: no pasó un día sin que se reportara una ejecución, una emboscada o un tiroteo.

La tendencia a la militarización se vio respaldada y profundizada a través de distintos acuerdos internacionales firmados en 2007: México, Estados Unidos y Canadá siguieron avanzando en el proyecto de la Alianza para la Seguridad y Prosperidad de América del Norte (ASPAN, un tratado de libre comercio profundizado, ya que añade aspectos de seguridad a los existentes sobre desarrollo y comercio). Paralelamente, los gobiernos de Estados Unidos y México negociaron la implementación de otro acuerdo, apuntando a la lucha contra el narcotráfico y el crimen organizado en México. La idea finalmente se concretó en marzo de 2007, durante la visita del presidente estadounidense George W. Bush a la ciudad mexicana de Mérida (de ahí nacería el nombre de «Iniciativa Mérida»).

En el curso de este año se reanudó la actividad pública de varios grupos armados: a principios de julio, el Ejército Popular Revolucionario (EPR), con presencia reconocida en Guerrero, Oaxaca y Chiapas, se responsabilizó por la detonación de ocho cargas explosivas en los ductos de Petróleos Mexicanos (Pemex), ubicados en Guanajuato y Querétaro. Manifestaron que las mismas forman parte de una campaña de hostigamiento al gobierno de Felipe Calderón, y reclamaron que dos de sus integrantes desparecidos en mayo, en Oaxaca, fueran presentados vivos por las autoridades.

También en julio, el Movimiento Revolucionario Lucio Cabañas Barrientos (MRLCB, grupo armado que reivindicó las bombas contra las sedes del Tribunal Electoral y del Partido Revolucionario Institucional, en México DF -noviembre de 2006-) llamó a sus propios militantes a que estén atentos «para actuar militarmente». Otro grupo armado,las Fuerzas Armadas Revolucionarias del Pueblo (FARP), también advirtieron que se encontraban «discutiendo para decidir lo que nadie quiere, pero la vorágine nos arrastra hacia allá». Analistas señalaron reiteradamente que el cierre de canales de diálogo y negociación podría arrinconar a los movimientos sociales a radicalizar sus modos de lucha.