En más de un sentido, el 2012 fue un año de transición en el caso de Chiapas. Por primera vez en el estado fueron concurrentes las elecciones federales y locales (gobernador, 40 diputados y 122 ayuntamientos), mismas que se realizaron el 1° de julio.

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Después de un proceso electoral controvertido, Enrique Peña Nieto, candidato del PRI, tomó posesión como presidente de la República en diciembre, marco de movilizaciones que se cerraron con un saldo de siete horas de disturbios en la Ciudad de México, 105 heridos (29 graves) y decenas de detenidos. Previamente, diversas organizaciones de familiares de desaparecidos y víctimas de la violencia también habían realizado protestas en todo el país y en el extranjero ante los saldos dramáticos de la estrategia de lucha contra el crimen organizado del presidente saliente, Felipe Calderón, con más de 70 mil muertos durante su sexenio.

Igualmente en diciembre, Manuel Velasco Coello (PRI-PVEM-PANAL) rindió protesta como nuevo gobernador de Chiapas. Había ganado las elecciones en julio con un amplio margen (más de un 70% de la votación emitida). A su favor, el PRI-Verde obtuvo además la mayoría de los otros puestos sometidos a votación en lo local, incluyendo 90 de los 122 municipios.

Al tomar posesión y ante el endeudamiento en el que el gobierno estatal saliente dejó sumido al estado, Velasco Coello anunció que presentará un plan estatal de austeridad reduciendo sueldos y gastos de funcionarios de primer nivel, incluido el del propio gobernador. Velasco Coello mencionó las aportaciones políticas y culturales del EZLN y de las Juntas de Buen Gobierno (JBG). También anunció que establecerá un gobierno de coalición ciudadana, plural e incluyente aunque en las siguientes semanas realizó pocos nombramientos y siguió funcionando con gran parte del equipo del gobernador saliente. A mediados de diciembre, no obstante, organizaciones de derechos humanos cuestionaron el nombramiento del nuevo Secretario de Seguridad Pública en el estado, persona a quien señalan como «perpetrador en hechos de detenciones arbitrarias, uso desproporcionado e indebido de la fuerza pública, arraigo, amenazas, tortura y otras violaciones a derechos humanos».

Igualmente en Chiapas, a finales de septiembre, los alcaldes electos tomaron posesión de su cargo, transición en la que se presentaron varios conatos violentos en Motozintla, Chicomuselo, Bejucal de Ocampo, Frontera Comalapa, Mazapa de Madero, Cintalapa, Tila, y Las Rosas. Otra serie de conflictos y bloqueos se dieron por protestar contra los equipos municipales salientes en Villacorzo, San Juan Chamula y Teopisca, principalmente.

Por otra parte, poco antes de finalizar el año, el 21 de diciembre, miles de indígenas bases de apoyo del EZLN marcharon en 5 ciudades de Chiapas (San Cristóbal de Las Casas, Ocosingo, Altamirano, Palenque, y Las Margaritas). Se reportaron contingentes de 6 a 10 mil bases marchando en cada lugar. El comunicado de la Comandancia General hace referencia al silencio riguroso que se mantuvo en la jornada, con las palabras: «¿Escucharon? Es el sonido de su mundo derrumbándose. Es el del nuestro resurgiendo».

Un día antes, en medio de fuertes rumores de una posible movilización zapatista, el gobierno estatal liberó a 4 presos, 2 de ellos bases de apoyo zapatistas para «contribuir a la distensión» y el fortalecimiento de clima «de tolerancia y paz» en el estado. Parte de esta determinación incluyó la cancelación de una orden de aprehensión en contra de otra base de apoyo originario de Toniná, un caso sobre el que se había pronunciado la JBG de La Garrucha a inicios de diciembre. El gobierno estatal también planteó «la conveniencia de un mecanismo mínimo» de comunicación con las Juntas de Buen Gobierno, que permita la prevención y resolución de cualquier conflicto.

En lo que quedó del año, tanto el gobierno federal como el gobierno del estado de Chiapas se manifestaron con motivo de la movilización del EZLN. El secretario de Gobernación declaró: «todavía no nos conocen; que no se adelanten, pues hay muchos compromisos con los pueblos indígenas de parte del presidente Enrique Peña Nieto».

El 30 de diciembre, poco antes del aniversario 19 de su levantamiento armado de 1994, el EZLN dio a conocer un comunicado y dos cartas, una de ella dirigida a «quien corresponda allá arriba» y otra a Luis H. Álvarez (PAN), ex Coordinador para el Diálogo para la Paz en Chiapas y ex Comisionado para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas. En estas nuevas comunicaciones, criticó fuertemente a los distintos partidos políticos, al Gobierno federal (tanto al anterior como al actual), a los gobiernos estatales y municipales, y dijo que todos han fracasado en su intento por debilitar la resistencia zapatista. El comunicado también anunció una nueva serie de acciones de parte del EZLN.

La conflictividad social no disminuyó en 2012. A lo largo del año, se multiplicaron las denuncias de todas las JBG, todas ellas por conflictos entre Bases de Apoyo Zapatistas e integrantes de otras organizaciones sociales o partidos políticos, sea por cuestiones agrarias o de control territorial. El caso tal vez de mayor gravedad fue respecto a la situación en el Nuevo Poblado Comandante Abel, municipio oficial de Sabanilla en la zona Norte de Chiapas. La JBG de Roberto Barrios informó que el 6 de septiembre, un grupo de 55 priistas quienes iban con armas de fuego, encapuchados y con uniforme de tipo militar invadieron un terreno perteneciente a Bases de Apoyo, derivando en el desplazamiento dos días después de 83 personas. La JBG de Roberto Barrios denunció la participación directa del secretario de Gobierno, Noé Castañón en la planeación e implementación de la escalada de violencia en la zona.

Desde los Altos de Chiapas, en octubre, la organización «Sociedad Civil Las Abejas» denunció la reactivación de grupos paramilitares en el municipio de Chenalhó, del mismo modo que estaba ocurriendo en la zona Norte del estado. Afirmó que la excarcelación masiva de presos por la masacre de Acteal desde agosto de 2009 a la fecha, «ha favorecido en gran medida el reagrupamiento de estos y ahora se han puesto de manifiesto en coordinación con los que no fueron juzgados; portando armas de fuego en las carreteras, en los montes, en el camino a las milpas y cafetales».

El regreso del PRI a la presidencia y vía alianza en el estado ha generado en muchos un miedo a que la historia se repita y que se cierren todavía más puertas a las luchas que buscan poner fin a la impunidad. En septiembre, el Departamento de Estado de Estados Unidos concedió la inmunidad diplomática al ex presidente Ernesto Zedillo por el juicio que enfrenta por su presunta responsabilidad en la masacre de Acteal (1997). El Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de Las Casas (CDHFBC) afirmó que esta decisión era un intento para «encubrir no a una persona, sino una estrategia contrainsurgente que se aplicó contra comunidades indígenas de Chiapas, que tuvo como operador al Ejército mexicano, pero como asesor a su homólogo de Estados Unidos».