1º de enero: Entrada en vigor del capítulo agropecuario del Tratado de Libre Comercio de América del Norte (TLCAN) , liberando de impuestos a las importaciones de granos básicos, como frijol y maíz, así como lácteos y oleaginosas.

31 de enero: El Frente Nacional en Defensa del Campo Mexicano, junto con organizaciones sociales y sindicales realizan una gran manifestación para exigir la renegociación del TLCAN en lo que fue considerado como la protesta más grande que se haya efectuado en México en contra de dicho Tratado. Los manifestantes denuncian la apertura del capítulo agropecuario como «el tiro de gracia» al campo mexicano.

Principios de febrero: La titular de la Oficina de la Alta Comisionada de Naciones Unidas para los Derechos Humanos (OACNUDH), Louise Arbour visita México.

9 de febrero: la Comisión Civil Internacional de Observación por los Derechos Humanos (CCIODH) presenta sus conclusiones y recomendaciones provisionales, preparadas tras una estadía de seis días en el estado de Chiapas.

19 de febrero: más de 10.000 indígenas de Chiapas, representando al pueblo creyente de las 50 parroquias de la diócesis de San Cristóbal de las Casas, llevan a cabo una peregrinación solicitando la liberación de los presos políticos.

Febrero-abril: Entre febrero y abril, en varias cárceles de Chiapas y una de Tabasco, comienza una protesta a través de huelgas de hambre por parte de detenidos que se reivindican como presos políticos y piden su liberación inmediata. Dicho proceso permitirá la excarcelación de más de 100 personas de distintos reclusorios de Chiapas.

13 de marzo: La Comisión Investigadora de la Suprema Corte de Justicia de la Nación (SCJN) concluye la primera fase de su indagatoria sobre los hechos ocurridos en Atenco en 2006 y acredita la «posible violación grave» de garantías individuales y la coordinación de mandos policíacos «del más alto nivel» en la planificación del operativo que derivó en la muerte de dos personas y la detención de 207.

6 de marzo: Aprobación por el Senado de la Reforma penal que incluye algunas mejorías como los juicios orales y el cambio de un sistema inquisitorio a una acusatorio (presunción de inocencia).

16 de marzo: Comicios internos para la presidencia nacional del PRD. Se enfrentan dos candidatos: Alejandro Encinas, más cercano a López Obrador y Jesús Ortega, que representa la llamada Nueva Izquierda. Se denuncian múltiples irregularidades y los resultados finales se mantendrán en el aire por varios meses, hasta mediados de noviembre cuando el Tribunal Electoral le dará la victoria a Ortega.

31 de marzo: el gobierno de Chiapas excarcela a 137 personas de distintos reclusorios del estado. Decenas de detenidos habían empezado una huelga de hambre en las semanas anteriores.

Abril: la Secretaría de Gobernación determina poner fin a la Coordinación para el Diálogo en Chiapas creada en 1994 tras la irrupción del EZLN, por razones de austeridad y considerar innecesaria su existencia.

9 de abril: Felipe Calderón presenta un proyecto de reforma energética ante el Congreso pretendiendo revitalizar el sector petrolero, principal fuente de ingresos del país, al otorgar mayores recursos a la empresa petrolera estatal, Pemex. Comprende modificaciones que permitirían la participación privada en todo el proceso productivo.

10 de abril: Inicia un proceso de resistencia frente a la posible reforma energética cuando la mayoría de los legisladores del Frente Amplio Progresista toman la tribuna del Congreso en exigencia de que se acorde un debate real en turno al futuro del petróleo mexicano. El Movimiento en Defensa del Petróleo inicia acciones de resistencia en las calles.

Finales de abril: El Ejército Popular Revolucionario (EPR, grupo armado cuya formación tiene origen en las guerrillas surgidas en el sur de México hace cuatro décadas) llama a varias personalidades mexicanas a conformar una mediación que le permita entablar un diálogo con el gobierno federal para obtener la aparición con vida de dos de sus miembros desaparecidos en mayo de 2007. El gobierno finalmente accede a tener reuniones con la comisión mediadora en mayo.

27 de abril: Al menos 500 policías ingresan de forma violenta en la comunidad de Cruztón, municipio de Venustiano Carranza, Chiapas.

Principios de mayo: Américo Incalcaterra, representante en México de la Oficina de la Alta Comisionada de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos (OACNUDH) deja su cargo supuestamente debido a presiones del gobierno mexicano. Diversas organizaciones de derechos humanos mexicanas piden al gobierno que aclare esta situación, petición que quedará sin respuesta.

22 de mayo: alrededor de 100 elementos del Ejercito Mexicano incursionan las comunidades de Laguna Verde, 28 de Junio, Guadalupe la Cuchilla y San José la Grandeza, pertenecientes a la Organización Campesina Emiliano Zapata – Región Venustiano Carranza (OCEZ-RC).

28 de mayo: Amnistía Internacional denuncia que en 18 meses de administración, el gobierno de Felipe Calderón «aún no ha demostrado un compromiso pleno para hacer avanzar la protección de los derechos humanos», lo que resulta «preocupante«.

Finales de mayo: La Organización Civil Las Abejas denuncia que el fiscal para el caso Acteal, Noé Maza Albores amenaza con encarcelar a sus dirigentes si no suspenden las denuncias públicas que realizan los días 22 de cada mes, al recordar la masacre de 45 indígenas el 22 de diciembre de 1997.

2 de junio: los dos presos zapatistas Ángel Concepción Pérez Gutiérrez y Francisco Pérez Vázquez son liberados del Centro Estatal para la Reinserción Social de Sentenciados (CERSS) #14 de Yajalón, Chiapas.

4 de junio: Se registra una incursión militar y policíaca en las inmediaciones del Caracol zapatista de La Garrucha, así como en las comunidades bases de apoyo del EZLN de Hermenegildo Galeana y San Alejandro.

26 de junio: Aprobación de la primera etapa de la Iniciativa Mérida por parte del Senado de los Estados Unidos. La versión final incluye 400 millones para México en 2008 que se destinarían al entrenamiento para la lucha contra el narcotráfico, el apoyo a la reforma judicial y la adquisición de armamento.

28 de junio: En Villahermosa, Tabasco, culmina la Décima Cumbre de Jefes de Estado y de Gobierno del Mecanismo de Diálogo y Concertación de Tuxtla. Los mandatarios presentes ratifican los objetivos del Plan Puebla Panamá, renombrado Plan Mesoamérica. La declaración final hace referencia de manera reiterada al combate a la delincuencia organizada y la adhesión a la Iniciativa Mérida financiada por Estados Unidos.

23 de julio: Policías estatales agreden a campesinos de la comunidad de Cruztón, municipio de Venustiano Carranza, y a observadores de la Otra Campaña presentes en el lugar.

24 de julio: 7 presos de La Voz del Amate y La Voz de Los Llanos son liberados por el gobierno del estado de Chiapas, después de demostrar su inocencia.

27 de julio: La Convención Nacional Democrática (CND) y el FAP realizan una consulta pública sobre la reforma energética en 9 estados de la República y el Distrito Federal en la que participa más de un millón y medio de personas, de las que poco más del 80% expresan estar en contra de la iniciativa presentada por el Ejecutivo.

Finales de julio: Unos 300 activistas provenientes principalmente de Europa llegan a Chiapas para monitorear y denunciar lo que consideran forma parte de un escenario de guerra.

21 de agosto: El gobierno federal presenta el Acuerdo Nacional por la Seguridad, la Legalidad y la Justicia que mediante 75 puntos pretende depurar y fortalecer las instituciones policíacas y de procuración de justicia.

29 de agosto: Se publica en el Diario de la Federación el nuevo Programa Nacional de Derechos Humanos 2008-2012, considerado por organizaciones civiles como «un catálogo de buenas intenciones».

15 de septiembre: En el marco de las festividades por la conmemoración del día de la Independencia, se dan dos explosiones en Morelia, Michoacán, dejando un saldo de 7 muertos y 132 lesionados, así como una percepción reforzada y generalizada de inseguridad.

16 de septiembre: El EZLN convoca a dar nuevo inicio a las movilizaciones por la liberación de las 13 personas aún presas por los hechos de San Salvador Atenco en mayo de 2006, todas con sentencias de más de 30 años y de 112 años en el caso de los dirigentes del Frente de Pueblos en Defensa de la Tierra.

Septiembre: Como parte del Examen Periódico Universal (EPU) que se aplica a todas las naciones miembros de la Organización de las Naciones Unidas (ONU), un centenar de ONG mexicanas presentan un informe especial en el cual denuncian que «México no ha cumplido con sus compromisos internacionales y que persisten la tortura, las desapariciones forzadas, las ejecuciones extrajudiciales, las limitaciones en la libertad de expresión y la impunidad». El Estado mexicano presentará su propio informe a finales de noviembre.

3 de octubre: Un violento operativo efectuado por policías federales y estatales deja un saldo de seis muertos (4 de ellas ejecutadas según los testimonios de los pobladores), 17 personas heridas y 36 detenidos, casi todos habitantes del ejido Miguel Hidalgo, ubicado en el municipio de la Trinitaria, Chiapas. El 7 de septiembre, los ejidatarios habían tomado las ruinas mayas de Chincultik que se encuentran enfrente de su comunidad con la intención de administrar el sitio arqueológico. Frente a la respuesta del gobierno de Chiapas después de estos hechos, la Comisión Civil Internacional de Observación por los Derechos Humanos (CCIODH) afirma que es un ejemplo de la política gubernamental que criminaliza la protesta social, delega la solución política y dialogada a los conflictos y busca con indemnizaciones tapar su responsabilidad institucional.

13 de octubre: México concreta una Asociación estratégica con la Unión Europea que debería permitir trabajar conjuntamente en temas como el cambio climático, la delincuencia organizada, la lucha contra la pobreza, los derechos humanos y la migración.

15 de octubre: es liberado Marcelino Díaz González, integrante de «La Voz del Amate«, organización de detenidos adherentes a La Otra Campaña.

23 de octubre: Después de 8 meses de negociación, una reforma energética es aprobada por el Congreso mexicano.

29 de octubre: la Junta de Buen Gobierno (JBG) de Oventic denuncia una serie de agresiones en contra de integrantes del municipio autónomo rebelde zapatista San Pedro Polho.

Octubre: Inicio de la «Operación Limpieza» que evidencia la infiltración del narcotráfico hasta los niveles más altos del gobierno.

4 de noviembre: El secretario de Gobernación, Juan Camilo Mouriño y el ex titular de la Subprocuraduría de Investigación Especializada en Delincuencia Organizada (SIEDO), José Luis Vasconcelos mueren al caer la nave en la que viajaban a la Ciudad de México. Con ello, fallecieron dos de los principales estrategas del gobierno federal en la lucha contra el narcotráfico. Aunque la versión oficial afirma que no hay pruebas que sugieran un atentado, se ha mantenido una polémica en torno a si estas muertes pudieron haber sido producto de sabotaje, sospechas que se mantienen a la fecha en la opinión pública.

12 de noviembre: allanan las casas de dos integrantes del Frente Nacional de Lucha por el Socialismo (FNLS).

13 de noviembre: se lleva a cabo el Encuentro Latinoamericano por la Verdad y la Justicia en la comunidad de Acteal, municipio de Chenalhó

22 de noviembre: Las Abejas difunden un comunicado en el que denuncian nuevos intentos para cooptar y dividir a la población de Chenalhó a través de proyecto.

Finales de Noviembre: El Congreso de la Unión aprueba un presupuesto en cuestión de seguridad superior en un 35% respecto al año anterior, casi duplicando lo que se destinará para desarrollo social en 2009.

Última semana de diciembre de 2008-Principios de enero de 2009: Primer Festival de la Digna Rabia convocado por el EZLN y celebrado en el Distrito Federal y Chiapas.