1. Januar: Das Nordamerikanische Freihandelsabkommen (TLCAN) zwischen den Vereinigten Staaten, Kanada und Mexiko tritt in Kraft. Bewaffneter Aufstand der Zapatisten: Die EZLN besetzt mehrere Städte in Chiapas, unter anderen San Cristóbal de Las Casas, Las Margaritas, Altamirano und Ocosingo. Über die „Erste Erklärung aus dem Lakandonischen Urwald“ erklärt die Gruppe der mexikanischen Regierung und deren Armee den Krieg und fordert Freiheit, Gerechtigkeit und Demokratie für alle MexikanerInnen.

3. Januar: Die EZLN nimmt den ehemaligen Gouverneur von Chiapas, General Absalón Castellanos Domínguez, als Kriegsgefangenen.

10. Januar: Präsident Salinas ernennt Manuel Camacho Solís, bis dato Außenminister und zuvor Bürgermeister von Mexiko-Stadt, zum Bevollmächtigen für Frieden und Versöhnung in Chiapas.

12. Januar: Aufgrund des Drucks von Seiten der Zivilgesellschaft, ordnet die Regierung einen einseitigen Waffenstillstand an und verkündet ihre Absicht, gemeinsam mit den Zapatisten eine Lösung auszuhandeln. Die Zahl der Toten während dieses Krieges werden auf 145 bis 1.000 geschätzt. In Mexiko-Stadt findet eine große Demonstration für den Frieden in Chiapas statt.

16. Februar: Die EZLN lässt den Ex-Gouverneur Absalón Castellanos frei. Im Austausch entlässt die Regierung hunderte Zapatisten aus der Gefangenschaft.

21. Februar – 2. März: Friedensdialog in der Kathedrale von San Cristóbal de Las Casas zwischen den Führungskräften der EZLN (Subcomandante Marcos sowie 18 comandantes und Mitglieder des Geheimen Revolutionären Indigenen Komitees, CCRI), dem Bevollmächtigen für den Frieden Manuel Camacho Solís und dem Vermittler Samuel Ruiz, Bischof von San Cristóbal. Die Regierung legt ein Dokument von 34 Vereinbarungen vor, welches die EZLN ihren Unterstützungsbasen zur gemeinsamen Entscheidung vorlegt.

23. März: Luis Donaldo Colosio, Präsidentschaftskandidat der PRI, wird in Tijuana, im Bundesstaat Baja California, ermordet. Die EZLN erklärt „Alarmstufe Eins“ und setzt die Konsultationen aus.

12. Juni: Nach einem ausführlichen Konsultationsprozess mit ihrer Basis lehnt die EZLN die aus den Gesprächen in der Kathedrale hervorgegangenen Vorschläge der Regierung ab (nach Aussagen der EZLN mit 98% der Stimmen), da diese nicht auf ihre Forderungen eingingen. Manuel Camacho tritt von seinem Posten als Bevollmächtigter für den Frieden zurück. Die EZLN entscheidet sich dafür, den Waffenstillstand aufrecht zu erhalten und eröffnet den Dialog mit der Zivilgesellschaft. In der „Zweiten Erklärung aus dem Lakandonischen Urwald“ ruft sie zum Nationalen Demokratischen Abkommen (CND) auf.

6. – 9. August: 6.000 Vertreter von Volksorganisationen aus ganz Mexiko treffen sich in Guadalupe Tepeyac, um am CND teilzunehmen. Guadalupe Tepeyac ist das erste zapatistische „Aguascalientes“ (Ort der Zusammenkunft der Zapatisten mit der Zivilgesellschaft).

21. August: Sieg der PRI bei den Präsidentschaftswahlen. Ernesto Zedillo Ponce de León wird neuer Präsident.

28. September: José Francisco Ruiz Massieu, Generalsekretär der PRI, wird in Mexiko-Stadt ermordet

1. Dezember: Amtsantritt des neuen Präsidenten Ernesto Zedillo.

19. Dezember: Die EZLN durchbricht die Umzingelung durch das Militär, besetzt friedlich 38 Städte und erklärt diese zu autonomen aufständischen Landkreisen.

19 – 20. Dezember: Finanzielle Krise: Der Peso wird um 40 Prozent abgewertet. Es folgt eine wirtschaftliche Rezession, die zum Konkurs von Tausenden von Betrieben und der Entlassung von fast einer Million Personen führt. Der Internationale Währungsfonds (IWF), die Vereinigten Staaten von Amerika und einige andere Staaten beschließen, Mexiko zu retten, indem sie dem Land einen Kredit von etwa 50 Milliarden Dollar gewähren.

24. Dezember: Die EZLN und die mexikanische Regierung akzeptieren die „Nationale Vermittlungskommission“ (CONAI), in der Bischoff Samuel Ruiz den Vorsitz hat