30. Januar: In Europa behauptet Präsident Zedillo, dass die Zapatisten nicht „ein Stück weit glaubwürdig“ sind. Ob die Zapatisten beschließen, die Verhandlungen wieder aufzunehmen oder nicht, sei „ein weniger wichtiger Teil der Lösung“ des Konflikts in Chiapas. Die wichtigste Aufgabe bestehe darin, das Problem der Entwicklung und der Armut dieses Bundesstaates zu lösen.

4. Februar: Die Präsidentin und Sonderberichterstatterin der UN-Arbeitsgruppe über indigene Bevölkerungen, Erika Irene Daes, fordert zum Abschluss ihres Besuchs in Mexiko die Regierung dazu auf, die Abkommen von San Andrés einzuhalten.

1. Mai: Mons. Felipe Arizmendi Esquivel tritt die Nachfolge des Bischof von San Cristóbal de las Casas Mons. Samuel Ruiz an.

1. Juli: Das Freihandelsabkommen zwischen Mexiko und der Europäischen Union tritt in Kraft.

2. Juli: Vicente Fox, Kandidat der PAN und der Grünen Ökologischen Partei Mexikos (PVEM) gewinnt die Präsidentschaftswahlen mit 43.43% der Stimmen.

20. August: Pablo Salazar von der Allianz für Chiapas gewinnt die Gouverneurswahl in Chiapas mit 535.860 Stimmen (51.50%).

17. Oktober: Mehr als 96 Flüchtlingsfamilien, die der Gruppe Las Abejas angehören, siedeln sich in der Nähe von Naranjatik, Landkreis Chenalhó, neu an. Sie sind Flüchtlinge der Gemeinde Yibeljoj, die seit November 1997 im Flüchtlingslager in Xoyep lebten.

18. Oktober: Präsident Zedillo enteignet 3,5 Hektar des Gemeindelandes in Amador Hernández, Ocosingo, einer Zapatistengemeinde im Landkreis Ocosingo, um ein Militärcamp zu errichten.

28. Oktober: Die Generalbundesstaatsanwaltschaft (PGR) verhaftet elf Mitglieder der vermeintlichen paramilitärischen Gruppen „Paz y Justicia“ („Frieden und Gerechtigkeit“) und „Union Indigener Land- und Forstwirtschaftlicher Gemeinden“ (UCIAF – Abspaltung von „Frieden und Gerechtigkeit“) in der nördlichen Zone. Sie sind des Terrorismus und des illegalen Kriegswaffenbesitzes, der Bildung einer kriminellen Vereinigung, der Meuterei, der organisierten Kriminalität, des Diebstahls sowie der Verursachung von Verletzungen und Schäden angeklagt.

13. November: Die Gemeinde Miguel Utrilla, Landkreis Chenalhó, hindert die Generalbundesstaatsanwaltschaft (PGR) gewaltsam daran, einem Einsatz durchzuführen, an welchem 150 Bundespolizisten und 20 Kriminalpolizisten teilnahmen. Sie suchen Waffen, die sich in den Händen mutmaßlicher Paramilitärs befinden sollen.

28. November: Der neu gewählte Präsident Vicente Fox bildet sein Kabinett. Luis H. Alvarez wird zum Beauftragten für Frieden in Chiapas ernannt. Die EZLN wird ihn später als „zulässigen Gesprächspartner“ anerkennen.

1. Dezember: Vicente Fox tritt sein Amt an. Er bekräftigt, die Korruption und Straflosigkeit zu bekämpfen und verpflichtet sich, den Konflikt in Chiapas zu lösen. Er befiehlt die Schließung von 53 Militärkontrollen im Konfliktgebiet und ordnet an, die militärischen Kontrollgänge und Tiefflüge zu beenden.

2. Dezember: Die EZLN verlangt vom Präsidenten drei Zeichen, um den Dialog wieder aufzunehmen: die Umsetzung der Abkommen von San Andrés durch die Zustimmung des Gesetzesentwurfs der COCOPA, die Freilassung aller zapatistischen Gefangenen und die Schließung von sieben „der 259 Militärlager, die momentan im Konfliktgebiet bestehen“. Sie kündigt eine Zapatistenkarawane an, die sich nach Mexiko-Stadt begeben wird, um das mexikanische Parlament aufzufordern, die Abkommen von San Andrés umzusetzen.

5. Dezember: Präsident Fox überreicht dem Parlament den Gesetzesentwurf der COCOPA.

20. Dezember: Der neue Gouverneur von Chiapas, Pablo Salazar, schafft die Staatliche Kommission zur Landkreisreform ab. Diese hatte die Regierung von Albores Guillén ins Leben gerufen. Unter ihr wurden sieben neue Landkreise, hauptsächlich in zapatistischen Zonen, geschaffen.

22. Dezember: Die Armee zieht sich von der Militärbasis in Amador Hernández (Selva) zurück. Die Bundesregierung gibt das Gelände, das Zedillo im Oktober 2000 enteignet hatte, an die Gemeinde Amador Hernandez zurück.

23. Dezember: Präsident Fox hebt die Bedingungen auf, die notwendig waren, um eine Erlaubnis zur Menschenrechtsbeobachtung in Mexiko zu bekommen.

31. Dezember: Die mexikanische Armee räumt das zweite Militärlager in Jolnachoj im Landkreis San Andrés Larrainzar.