Es häufen sich Vorschläge für ein Indígena-Gesetz: einer kommt von der Partei der Institutionellen Revolution (PRI), unterstützt von Präsident Zedillo, ein anderer von der Partei der Nationalen Aktion (PAN). Damit verringern sich die Möglichkeiten einer Aufnahme des COCOPA-Textes (jener Text, der von der EZLN angenommen wurde) im Bundeskongress.

Angesichts dieser Stagnation löst sich die CONAI im Juni auf. Der Bischof Samuel Ruiz erklärt, diese Entscheidung sei wegen der Angriffe der Regierung gegen ihn, die Diözese und die CONAI getroffen worden. Er erklärt, dass die Entscheidung eher eine „Anklage“ über die Situation als ein „Rücktritt“ sei.

Währenddessen geht die Militarisierung des Staates weiter: die Angaben variieren zwischen 30 000 bis 70 000 Soldaten, etwa einem Drittel der gesamten mexikanischen Armee (es können auch weniger sein, was die Proportion nicht entscheidend beeinflusst), die sich in der Region aufhalten. Es werden zahlreiche breit angelegte polizeiliche und militärische Operationen gegen autonome zapatistische Gemeinden (Flores Magon im April, Tierra y Libertad im Mai, Nicolas Ruiz und San Juan de la Libertad im Juni) durchgeführt. Der Vorwand, um in diese Gemeinden einzudringen, ist es ist ilegal autonome Gemeinden zu gründen, und es endet mit Dutzenden von Festnahmen (was dem Verhandlungsgesetzt wiederspricht, ver 95). Nur in einem Fall antworten die Zapatisten mit Gewalt (San Juan de la Libertad, Landkreis El Bosque) Es gibt acht Tote. Die Regierung spricht von Legalität, die EZLN von Legitimität.

Der neue Gouverneur von Chiapas, Albores Guillen, startet eine große Offensive, um „den Rechtsstaat“ mit Hilfe verschiedener Kampagnen wieder herzustellen: Staatliches Abkommen zur Versöhnung in Chiapas, Plan zur Gründung neuer Landkreise und ein Gesetz für Amnestie und Entwaffnung „Ziviler Gruppen“ in Chiapas. Diese Initiativen werden von der Oposition stark kritisiert, da sie die EZLN einfach nicht berücksichtigen und somit noch mehr Spaltungen provozieren können.

Die EZLN antwortet auf diese politischen, juristischen und militärischen Offensiven mit monatelangem Schweigen, bevor sie neue Anstrengungen zum Gespräch mit der Zivilgesellschaft unternimmt. Basierend auf den Abkommen von San Andrés startet die EZLN eine nationale Volksbefragung über die Gesetzesinitiative der COCOPA.