Le 1^er janvier 1994, l’EZLN déclare la guerre au gouvernement fédéral et à son armée, et parvient à occuper divers chefs-lieux de l’état du Chiapas parmi lesquels San Cristóbal de Las Casas, Las Margaritas, Altamirano et Ocosingo. Ses revendications principales étaient « travail, terre, logement, alimentation, santé, éducation, indépendance, liberté, démocratie, justice et paix » (Première Déclaration de la Forêt Lacandone). Les zapatistes affirment avoir opté pour la voie armée face au peu de résultats obtenus par les formes pacifiques de protestations.

Après 12 jours de guerre, dont le bilan varie entre 145 (selon la version gouvernementale) et 1000 morts (selon les zapatistes), le gouvernement décrète un cessez-le-feu unilatéral sous la pression de la société civile nationale et internationale, et entame un premier dialogue avec l’EZLN dans la cathédrale de San Cristóbal de Las Casas. L’évêque de San Cristóbal, Samuel Ruiz, sert de médiateur. Pour prouver sa bonne volonté, le gouvernement libère les prisonniers zapatistes et l’EZLN livre son unique otage, le Général Absalón Dominguez, ancien gouverneur du Chiapas.

En juin, après une vaste consultation de ses bases, l’EZLN rejette les propositions du gouvernement nées du dialogue de la Cathédrale (propositions rejetées par 98% des votants) parce qu’elles ne répondaient pas à leurs revendications. Elle décide de maintenir le cessez-le-feu et d’ouvrir une étape de dialogue avec la société civile. Par le biais de la Seconde Déclaration de la Jungle Lacandone, elle convoque la Convention Nationale Démocratique à laquelle 6000 représentants d’organisations populaires de tout le Mexique prennent part en août.

D’autre part, le gouvernement fédéral ne parait pas disposé à dialoguer plus en profondeur avec un mouvement rebelle qu’il cherche à minimiser ou ignorer. Pour obliger le gouvernement à les prendre au sérieux, les zapatistes rompent l’encerclement imposé par l’armée fédérale et prennent sans recourir à la violence 38 chefs-lieux municipaux, qu’ils transforment en municipalités autonomes et rebelles. Le conflit du Chiapas ressemble toujours plus à une pierre dans la chaussure du gouvernement, d’autant plus que nous sommes en période électorale (pour la présidence de la République) et que la situation économique est chaque jour plus alarmante. A la fin de l’année, au milieu des rumeurs et craintes d’instabilité, une des crises financières les plus graves de son histoire récente éclate au Mexique.