Début janvier, l’EZLN annonce la création du Front Zapatiste de Libération Nationale (FZLN), nouvelle force politique non partisane, indépendante et pacifique (Quatrième Déclaration de la Jungle Lacandone). Un Forum National Indigène convoqué par l’EZLN réunit plus de 300 représentants autochtones de 35 peuples indiens. Les participants décident de former le Congrès National Indigène (CNI).

Les Accords de San Andrés sont signés le 16 février. Ils contiennent les résultats des négociations concernant le thème des Droits et Culture Indigène (Table 1). En mars, le débat sur le thème « Démocratie et Justice » commence. La délégation gouvernementale n’y participe quasiment pas, cherchant à éviter que ce thème ne prenne une importance nationale ou constitutionnelle comme cela avait été le cas lors de la table précédente. Durant cette période, la répression augmente dans tout l’état : arrestation de zapatistes présumés, actions de groupes paramilitaires (‘Chinchulines’ et ‘Paix et Justice’), persistance de la militarisation, autant d’éléments qui accroissent plus encore les difficultés de la négociation.

En septembre, l’EZLN décide de se retirer des négociations tant que les conditions nécessaires pour donner crédibilité au processus ne seront pas remplies: libération de tous les prisonniers supposément zapatistes, une Commission du gouvernement dotée d’une capacité de décision politique réelle et qui respecte la délégation zapatiste, l’installation de la Commission de Suivi et de Vérification (COSEVER), des propositions sérieuses et concrètes pour la Table portant sur ‘Démocratie et Justice’, et la fin du climat de persécution militaire et policière contre les communautés autochtones.

En novembre, les parties sont d’accord pour que la COCOPA prépare un projet de loi visant à intégrer dans la Constitution les accords déjà signés. Les parties accepteront l’initiative dans sa totalité sans aucune observation ni correction, ou elles la rejetteront. En décembre 1996, l’EZLN accepte le texte ; le gouvernement au contraire présente des modifications qui changent substantiellement le projet de loi de la COCOPA.