En 1998, le décalage entre les discours de paix et les politiques de force mises en œuvre par le gouvernement s’exacerbe une fois de plus. Le processus de paix paraît définitivement dans l’impasse quand les propositions de réforme constitutionnelle concernant le thème des Droits et Culture Indigène se multiplient : une du Parti Révolutionnaire Institutionnel (PRI), le parti du pouvoir avec une initiative reprise par le président Zedillo et une autre du Parti d’Action Nationale (PAN). De cette manière, la possibilité que l’initiative de réforme constitutionnelle de la COCOPA (texte accepté par l’EZLN) soit prise en compte par le Congrès s’éloigne. Face à cette impasse, la CONAI s’auto-dissout (en juin). L’évêque Samuel Ruiz explique qu’il a pris cette décision face aux attaques du gouvernement à l’encontre de sa personne, du diocèse de San Cristóbal et de la CONAI. La COCOPA parvient difficilement à remplir ses fonctions et encore moins à jouer un rôle significatif : cette structure se voit parfois limitée voire paralysée par les intérêts propres aux partis politiques.

Pendant ce temps, la militarisation reste élevée : la CONAI et les organisations des droits humains parlent alors de plus de 70000 militaires, le tiers des forces armées mexicaines (si ce chiffre peut avoir été moins important, on ne peut nier la disproportion de cette présence). Les opérations policières et militaires de grande ampleur se multiplient contre les municipalités autonomes zapatistes (Flores Magón en avril, Tierra y Libertad en mai, Nicolas Ruiz et San Juan de la Libertad en juin). Le prétexte pour intervenir, même s’il a un fondement légal, aboutit à la détention de dizaines de personnes (ce qui est contraire à la Loi pour le Dialogue). Les zapatistes n’ont répondu de façon violente que dans un seul cas (San Juan de la Libertad, municipalité de El Bosque), avec un bilan de 8 morts.

Au Chiapas, le nouveau gouverneur Albores Guillen lance une grande offensive pour rétablir « l’Etat de droit » à travers différentes campagnes : Accord Etatique pour la Réconciliation au Chiapas, plan de remunicipalisation et loi « d’Amnistie et de Désarmement des Groupes Civils dans l’Etat du Chiapas ». Ces initiatives sont sévèrement critiquées par l’opposition car elles ne prennent en compte l’EZLN et peuvent créer plus de divisions.

Face à ces offensives juridiques, militaires et légales, l’EZLN reste silencieuse durant de nombreux mois avant de se lancer dans un nouvel effort de plus grand dialogue avec la société civile. Elle annonce une consultation nationale sur le projet de loi indigène présenté par la COCOPA sur la base des Accords de San Andrés. Elle cherche ainsi à rompre le cercle dans lequel le gouvernement veut la maintenir : depuis le début du conflit, il a tenté de présenter le problème comme limité au seul Chiapas.