Toute analyse quant à l’an 2000 doit être réalisée dans le cadre d’un contexte électoral (tant à l’échelle fédérale que de l’état). Les espoirs de parvenir à des avancées significatives en direction de la paix avant la fin du sexennat du président Zedillo semblaient d’entrée de jeu minimes. Les élections représentent durant plusieurs mois un élément d’incertitude et d’instabilité, en particulier dans le contexte explosif du Chiapas.

Les élections fédérales du 2 juillet marquent un changement historique pour le Mexique. Après 71 ans au pouvoir, le PRI perd la présidence face au leader de l’opposition (centre-droit), Vicente Fox. A la différence de ce qui était prévu, peu de plaintes pour fraudes ont été présentées (bien qu’il y en ait eu quelques-unes en zones rurales). Le Président Zedillo et le candidat du PRI reconnaissent la victoire de Fox quelques heures à peine après l’annonce des résultats. Le PAN (dont Fox était le candidat) obtient également le plus grand nombre de sièges à la Chambre des députés.

Quelques semaines plus tard, Pablo Salazar, candidat d’une coalition de partis de l’opposition, est élu gouverneur du Chiapas le 20 août, un autre revers inattendu pour le PRI qui a également dominé le monde politique du Chiapas pendant plusieurs décennies.

Les mois avant la prise de possession des nouveaux gouvernements (en décembre) correspondent à un temps de latence et transition, entre expectatives, débats et définitions. Au Chiapas, la tension augmente à plusieurs reprises, en particulier en octobre, suite à l’arrestation de 11 personnes de l’UCIAF, une scission de ‘Développement, Paix et Justice’, un des groupes accusés d’être paramilitaire.

A partir de la prise de possession de Fox en décembre, on observe un changement significatif en comparaison avec l’administration antérieure : il place le thème du Chiapas comme l’un des premiers de l’agenda national et il ordonne le retrait de 53 barrages militaires.

Après plusieurs mois de silence et sans avoir pris part aux élections, les zapatistes réalisent une conférence de presse reconnaissant que les nouveaux gouvernements pourraient constituer une opportunité pour le processus de paix. Ils demandent trois signes de la part du gouvernement avant de reprendre le dialogue : le respect des Accords de San Andrés, la libération des prisonniers politiques et la fermeture de 7 bases militaires situées dans la zone d’influence zapatiste. Ils annoncent une Marche à Mexico pour défendre le projet de réforme constitutionnelle rédigé par la COCOPA sur la base des Accords de San Andrés.

Fox répond : il présente le projet de loi de la COCOPA le 5 décembre et il ferme petit à petit les différentes positions militaires exigées par les zapatistes. Au niveau du Chiapas, Pablo Salazar montre lui aussi sa bonne volonté en libérant des dizaines de prisonniers zapatistes.