Durant les premiers mois de l’année, le gouvernement de Fox continue de répondre à certaines des conditions exigées par les zapatistes pour reprendre le dialogue : libération des prisonniers zapatistes et retrait de certaines positions militaires. En avril, l’armée évacue les communautés indigènes de Guadalupe Tepeyac, la Garrucha y Río Euseba, remplissant ainsi l’une des trois conditions posées.

Fin février, les zapatistes réalisent leur marche jusqu’à Mexico pour défendre auprès du Congrès la réforme sur les droits et la culture indigène élaborée par la COCOPA en 1996. Après avoir reçu le soutien populaire de milliers de personnes lors de leur passage par 12 états, l’EZLN parle devant la Chambre des députés. Un moment prometteur pour le processus de dialogue… En avril cependant, le Congrès approuve une loi sur les droits et la culture indigène que l’EZLN considère comme une trahison dans la mesure où elle ne reprend pas certains aspects importants des Accords de San Andrés ou du projet de loi de la COCOPA. Le texte de loi approuvé, même s’il représente une avancée, restreint significativement le concept d’autonomie indigène: il ne considère pas les communautés et les peuples indiens comme des entités de droit public, pas plus qu’il ne reconnaît leurs droits à un territoire, à l’utilisation et la jouissance des ressources naturelles ou encore l’association de communautés et municipalités. Les zapatistes rompe le dialogue avec le gouvernement et retourne à la stratégie su silence.

Les Congrès des états du Mexique caractérisés par une forte population indigène (Morelos, Chiapas, Guerrero, Hidalgo, San Luis Potosí, Oaxaca) rejettent cette loi. De leur côté, les organisations et communautés indigènes présentent auprès de la Suprême Cour de Justice de la Nation 330 recours constitutionnels contre la réforme approuvée ainsi que plusieurs demandes auprès de l’OIT. En dépit des polémiques, cette loi est promue en août.

Lors d’une tournée en Europe, le président Fox déclare: tout est paix et tranquillité au Chiapas. Il donne pour exemple le retour des déplacés. Entre août et décembre, quatre retours de l’Organisation Civile Las Abejas ont certes été réalisés. Las Abejas affirment cependant que ces retours ont été « forcés« : les conditions de vie étaient intolérables et on leur avait retiré la quasi totalité de l’aide humanitaire. Ils dénoncent par ailleurs que les paramilitaires de la zone sont toujours armés et que plusieurs coupables du massacre d’Acteal restent impunis.

L’EZLN de son côté se maintient en résistance, exerçant l’autonomie par la voie des faits et rejetant toute aide de la part des gouvernements de l’état et fédéral. Cette option génère des conflits permanents entre bases de soutien zapatistes et d’autres organisations indigènes (auparavant alliées) qui ont choisi d’accepter les programmes sociaux et économiques du gouvernement.

A la fin de l’année, le PRI obtient à nouveau la majorité au sein du Congrès de l’état et des différentes municipalités.