Les élections présidentielles ont eu lieu au Mexique le 2 juillet. La marge de différence extrêmement limitée existant entre les deux premiers candidats n’a pas permis de nommer un vainqueur ce jour-là. Finalement, l’Institut Fédéral Electoral (IFE) a donné la victoire à Felipe Calderón (PAN) sur Andrés Manuel López Obrador (Coalition pour le Bien de tous) avec une marge de différence inférieure à 1% et au milieu d’accusations de fraude. Plusieurs recours légaux furent présentés au Tribunal Electoral du Pouvoir Judiciaire de la Fédération et finalement rejetés par celui-ci.

López Obrador convoqua plusieurs mobilisations massives qui paralysèrent Mexico pendant plusieurs mois et qui culminèrent en septembre au moment de la Convention Nationale Démocratique (CND) durant laquelle il fut nommé « président légitime » devant des centaines de milliers de personnes.

Après une campagne électorale caractérisée par de nombreuses irrégularités, le 20 août, Juan Sabines Guerrero (représentant la Coalition pour le Bien de Tous, ceci alors qu’il était maire de la capitale du Chiapas pour le PRI peu avant le début de la campagne) a gagné les élections au poste de gouverneur, également avec une marge étroite.

Le 1er janvier, le délégué Zéro (sous commandant Marcos) a commencé la tournée nationale prévue dans le cadre de l’Autre Campagne. En mai, à San Salvador Atenco, état de Mexico, des milliers de policiers ont expulsé un groupe de paysans qui manifestaient contre la construction d’un supermarché à l’endroit où ils vendent leurs fleurs. Ceci a dégénéré en un affrontement violent qui provoqua la mort de deux personnes et l’arrestation d’une centaine d’autres. La police a été accusée de plusieurs violations des droits humains y compris du viol de dizaines de femmes. Face à ces faits, le sous commandant Marcos a déclaré une « alerte rouge au Chiapas » et a suspendu sa tournée nationale qui reprit en octobre.

En mars, le Ministre de l’Intérieur a affirmé qu’il n’existe plus un état d’exception du fait du conflit armé. Il a informé qu’actuellement l’armée mexicaine limitait ses activités aux besoins que requiert un état – frontière. Les ONG locales rapportent cependant la présence de 70 camps militaires permanents uniquement en territoire indigène du Chiapas.

Les conflits se maintiennent principalement du fait de problématiques agraires non résolues. Dans la communauté Choles de Tumbala, 30 familles zapatistes ont été expulsées en août. En novembre, dans le village Viejo Velasco (Forêt Lacandone), une attaque armée de centaine de membres de la dite Communauté Lacandone est perpétrée contre 17 familles autochtones qu’ils accusent d’avoir envahi leurs terres. Bilan: 4 morts et 4 personnes disparues (possiblement exécutées).

En 2006, au moins 20 cas de menaces et harcèlement se sont présentés contre des activistes et défenseurs des droits humains au Chiapas.

Au Oaxaca, le mouvement enseignant de Oaxaca a mobilisé plus de 40 milles enseignants en un ‘sit in’ prolongé qui reçut le soutien d’amples secteurs sociaux de cet état. Cette manifestation qui commença par des demandes syndicales finit par incorporer l’exigence de la renonciation du gouverneur du PRI, Ulises Ruiz. L’Assemblée des Peuples de Oaxaca (APPO) a été formée. On a dénoncé de nombreuses violations des droits humains contre ce mouvement de la part de forces policières (de Oaxaca et fédérales), parmi lesquels plusieurs assassinats et disparitions, ainsi que différentes arrestations irrégulières.