Selon le Centre des Droits Humains Miguel Agustín Pro et SERAPAZ (Services et Conseil pour la Paix), voici les différences fondamentales entre le projet de loi dela COCOPA sur les droits indigènes (écrit sur la base des Accords de San Andrés) et la réforme constitutionnelle finalement approuvée par le Congrès.

1. Le projet de loi de la COCOPA proposait des modifications aux articles 26, 53, 73, 115 et 116. Dans la réforme approuvée, l’ensemble des droits indigènes accordés est placé dans un nouvel article 2. Les organisations se préoccupent que cela puisse signifier que « ces droits restent un thème isolé et qu’il ne tienne aucun impact sur l’ensemble du texte constitutionnel, ce qui serait nécessaire pour expliciter et créer les conditions qui rendent possibles les conditions qui permettraient l’exercice des droits collectifs des droits indigènes ». L’élimination des modifications à d’autres articles laisse sans garantie constitutionnelle certains éléments indispensables pour l’exercice de l’autodétermination, comme la définition des champs d’action au niveau municipal et régional, ainsi que la représentation et participation politique des peuples indiens.
2. La réforme approuvée élimine la reconnaissance des communautés indigènes comme entités de droit public pour les transformer en entités d’intérêt public. Cette modification recrée la vision indigéniste dans laquelle les indigènes se contentent d’être des récepteurs de politiques publiques et non pas des sujets de droit qui participent à part entière dans l’organisation de l’état. Un premier exemple pourrait bien être l’article 2-B qui définit des éléments de définition de politiques publiques de l’Etat en faveur des peuples indiens.
3. Elle ne reconnaît pas le droit des peuples indiens à leurs terres et territoires: dans la nouvelle loi, ces droits se voient réduits « aux endroits que les communautés habitent et occupent ». En accord avec cette limitation, le droit d’accéder de manière collective à l’usage et la jouissance des ressources naturelles existantes dans ces territoires se voit annulé. Il est remplacé par le droit à un simple droit à un usage « préférentiel » de ces ressources.
4. Les droits sont limités aux niveaux communautaire et municipal. La possibilité d’association entre municipalités indigènes est éliminée. Les Accords de San Andrés et le projet de loi de la COCOPA en revanche reconnaissaient la possibilité d’association au niveau régional.
5. Il renvoie la possibilité de déterminer les droits indigènes et leur portée possible aux lois secondaires et aux Constitutions des états. Ceci représente un risque: que ces droits puissent être limités dans certains états et inexistants dans d’autres, et que certaines questions qui devraient être garanties par la Constitution fédérale restent fonction d’intérêts économiques de groupes majoritaires. C’est plus problématique encore dans le cas des peuples indiens qui ont une culture et une référence territoriale dans deux ou plus de deux états.