El 1º de enero de 1994, el EZLN declara la guerra al gobierno federal y a su ejército y llega a ocupar varias cabeceras del estado de Chiapas, entre ellas San Cristóbal de las Casas, Las Margaritas, Altamirano y Ocosingo. Sus principales demandas eran «trabajo, tierra, techo, alimentación, salud, educación, independencia, libertad, democracia, justicia y paz» (Primera declaración de la Selva Lacandona). Explica que optó por la vía armada frente a los pocos resultados de las protestas pacíficas.

Después de 12 días de guerra cuyo balance de muertos varía entre 145 (versión gubernamental) y 1000 (versión zapatista), el gobierno decreta un cese del fuego unilateral bajo la presión de la sociedad civil nacional e internacional, y se entabla un primer diálogo con el EZLN en la Catedral de San Cristóbal de Las Casas, bajo la mediación de su obispo, Samuel Ruiz. Como prueba de su buena voluntad, el gobierno libera a los presos zapatistas y el EZLN entrega su único rehén, el General Absalón Domínguez, ex-gobernador de Chiapas.

En junio, después de un amplio proceso de consulta con sus bases, el EZLN rechaza las propuestas del gobierno nacidas del diálogo de la Catedral (por el 98% de los votantes) por no responder a sus demandas. Decide mantener el cese al fuego y abrir un diálogo con la sociedad civil. A través de la Segunda Declaración de la Selva Lacandona, convoca a la Convención Nacional Democrática, que se realiza en agosto con la participación de 6000 representantes de organizaciones populares de todo México.

Por otro lado, el gobierno federal no parece dispuesto a dialogar más a fondo con un movimiento rebelde cuya influencia busca minimizar o ignorar. Para obligar el gobierno a tomarlos en serio, el 19 de diciembre, los zapatistas rompen el cerco impuesto por el ejército federal y toman sin derramamiento de sangre 38 cabeceras municipales, declarándolas municipios autónomos y rebeldes. El conflicto de Chiapas se ve como una piedra en el zapato del gobierno tanto más cuanto que estamos en un año electoral (para la presidencia de la República) y la situación económica es cada vez más alarmante. Al finalizar el año, en medio de rumores y temores de inestabilidad, estalla en México una de las crisis financieras más graves de su historia reciente.