Según el Centro de Derechos Humanos Miguel Agustín Pro y SERAPAZ, éstas son las diferencias fundamentales entre la iniciativa de ley de la COCOPA sobre Derechos Indígenas (basada en los Acuerdos de San Andrés) y la reforma constitucional finalmente aprobada por el Congreso.

1. La iniciativa de ley de la COCOPA planteaba reformas a los artículos 115, 26, 53, 73, 116. En el dictamen aprobado, se coloca todo el contenido de los derechos indígenas en un nuevo artículo 2. La preocupación que expresan las organizaciones al respecto es que se quede «como un tema aislado del resto y no permea el conjunto del texto constitucional para explicitar y permitir las condiciones que hagan posible el ejercicio de los derechos colectivos de los Pueblos Indígenas». Precisamente, la eliminación de las reformas a los otros artículos deja sin garantía constitucional elementos claves para el ejercicio de la autodeterminación, como la definición de los ámbitos de actuación en el orden municipal y regional, y la representación y participación política de los pueblos indígenas.
2. Elimina el reconocimiento de las comunidades indígenas como entidades de derecho público para definirlas a cambio como entidades de interés público. Con este cambio, se recrea la visión indigenista en la que los indígenas se limitan a ser receptores de políticas públicas y no sujetos de derechos, partícipes en la organización del Estado. Como primera «ilustración«, el Art.2-B define componentes de políticas públicas del Estado para los Pueblos Indígenas.
3. Elimina el reconocimiento del derecho de los pueblos indios a sus tierras y territorios, pues en la nueva legislación éstos se ven reducidos a «los lugares que habitan y ocupan las comunidades». Coherente con esa limitación, se suprime el derecho a acceder de manera colectiva al uso y disfrute de los recursos naturales existentes en dichos territorios, estableciéndose que tienen sólo derecho a un «uso preferente» de esos recursos.
4. Se acotan los derechos al ámbito comunitario y a lo mucho municipal. Elimina la posibilidad de asociación de municipios indígenas. Los Acuerdos de San Andrés y la propuesta de la COCOPA, en cambio, reconocían la capacidad de asociación regional.
5. Relega la determinación de los derechos indígenas y de sus posibles alcances a las leyes secundarias o a las Constituciones estatales. Ello conlleva el riesgo de concluir con derechos acotados en unos estados e inexistentes en otros, y que algunas cuestiones que deben quedar garantizadas en la Constitución queden al arbitrio de intereses políticos de grupos mayoritarios. Es más problemático aún en el caso de los pueblos que tienen una cultura y referencia territorial en dos o más estados.