Die Geschichte der indigenen Gruppen Oaxacas reicht bis ins 10. Jahrtausend vor unserer Zeitrechnung (v.u.Z.) zurück, als die ersten nomadischen Gruppen die Zentraltäler Oaxacas erreichten. Die ältesten Funde der Domestizierung des Mais durch den Menschen im Tal von Oaxaca stammen aus dem Jahr 5.000 v.u.Z., für die Domestizierung der Bohne zwischen 4.000 und 3.000 v.u.Z. Mit dieser Züchtung erfolgte der entscheidende Schritt vom nomadischen bzw. semi-nomadischen zum sesshaften Leben.

Zwei große Zivilisationen haben die vorkoloniale Geschichte Oaxacas bestimmt. Die Zapoteken erlebten eine Hochzeit ab 300 v.u.Z., mit dem Zentrum im Gebiet von Monte Albán. Um 1200 herum setzte sich die mixtekische Zivilisation durch, die schließlich im 15. und zu Beginn des 16. Jahrhunderts mit den Versuchen der Eroberung durch die Azteken konfrontiert war.

Ab 1520 eroberten die SpanierInnen die Region Oaxaca, indem sie die lokalen Feindschaften ausnutzen. Die Gruppen in den Gebirgen (hauptsächlich Zapoteken und Mixe) leisteten am meisten Widerstand. Andererseits wurde die indigene Bevölkerung durch Krankheiten wie Pocken dezimiert. In der Region der Mixteca (im Westen Oaxacas) ging die indigene Bevölkerung von 700.000 zum Zeitpunkt der Eroberung auf 25.000 im Jahre 1700 zurück.

In der Zeit der Kolonialherrschaft wurden die Regierungsstrukturen und kulturellen Muster herausgebildet, die bei den indigenen Gruppen teilweise auch heute noch zu finden sind. Sie sind Folge einer Mischung derer aus der vorkolonialen und der Kolonialzeit. Diese Kulturen haben ihrerseits eine großes Vermögen zur Aneignung und Anpassung an die Veränderungen der letzten fünf Jahrhunderte bewiesen. Die formelle Unklarheit der territorialen Grenzen zwischen den unzähligen indigenen Dörfern im Bundesstaat zu jener Zeit ist allerdings einer der Ursprünge der aktuell vorherrschenden Agrarkonflikte in Oaxaca