La presencia de las fuerzas armadas en Oaxaca no es novedosa. Desde los años 70s y 80s, frente a la influencia del movimiento del 68’s, se intentó sofocar violentamente a los procesos organizativos tanto en lo local como en lo nacional. Es en estos años cuando surge en Oaxaca, la Brigada Blanca y se habla de la existencia de cárceles clandestinas bajo el argumento de los cuerpos policiacos y militares de «salvaguardar el orden». Hasta la fecha, no se saben los saldos de esta etapa violenta, en particular el número de desaparecidos. Con el surgimiento del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN) en Chiapas en 1994, aumenta la presencia militar en Oaxaca por el temor a que se genere también un levantamiento en la entidad. Se intensificará a raíz del surgimiento del Ejército Popular Revolucionario (EPR).

El Ejército Popular Revolucionario (EPR) apareció por primera vez el 28 de junio de 1996, coincidiendo con la conmemoración del aniversario de la masacre de Aguas Blancas en Guerrero. Emitieron el Manifiesto de Aguas Blancas en español y náhuatl, en el cual proclamaron que «frente a la violencia institucionalizada, la lucha armada es un recurso legítimo y necesario del pueblo para restituir su voluntad soberana y restablecer el Estado de derecho». El 28 de agosto de 1996, el EPR realizó ataques en seis estados: Tabasco, Guanajuato, Guerrero, el estado de México, Chiapas y Oaxaca (Punto turístico de Crucecita Huatulco de la región de Los Loxichas).

En Oaxaca, estas acciones provocaron una respuesta represiva contra la población, principalmente la zapoteca, por su presunta colaboración con el EPR. La situación en los Loxichas, en la Sierra de Pochutla es un ejemplo de dicha represión.

En la actualidad se reportan la presencia de por lo menos cuatro grupos guerrilleros en Oaxaca: el Ejército Popular Revolucionario (EPR), el Ejército Revolucionario Popular del Pueblo Insurgente (ERPI), el Ejército Indígena Revolucionario de Liberación Nacional y el Comando Clandestino Indígena de Liberación .

Presencia militar: los argumentos

Los argumentos para la presencia militar (retenes, patrullajes, sobrevuelos, cateos, etc.) han sido:

• la lucha contra la delincuencia organizada: interceptar presuntos delincuentes, tránsito de indocumentados, vehículos u otro tipo de objetos robados, drogas y portación ilegal de armas de fuego.
• la implementación del Plan DNIII que se aplica en situaciones de emergencia y catástrofes naturales: sismo de 7.4 grados en 1999 y debido a las constantes lluvias en la región.
• la presencia de grupos armados: fue notorio un incremento de la presencia militar desde 1994 con el surgimiento del EZLN, y en 1996 con la aparición del EPR.
• La protección de recursos estratégicos. Por ejemplo, para el Centro Regional de Derechos Humanos Tepeyac, la principal razón de la militarización del Istmo desde el 2000 fue que «se considera una zona estratégica para el desarrollo de un ambicioso megaproyecto al que se han opuesto organizaciones sociales, no gubernamentales y comunidades. Los militares se encuentran en puntos estratégicos donde estará o se han iniciado los trabajos de esta obra. Los militares cumplen objetivos de contención social donde la función es que la gente se sienta controlada».