L’histoire des groupes autochtones de Oaxaca remonte à 10.000 ans av. J.-C., avec l’arrivée des premiers groupes nomades dans les vallées centrales du Oaxaca. Les indices les plus anciens qui rendent compte de la domestication du maïs dans la vallée du Oaxaca datent de 5000 av. J.-C.. et ceux du haricot entre 4000 et 3000 av. J.-C.. Ces cultures marquent la transition définitive de la vie nomade et semi-nomade à la vie sédentaire.

Deux grandes civilisations marquent l’histoire précolombienne de Oaxaca. La civilisation Zapotèque a prospéré à partir de l’an 300 av.J.-C autour de la zone de Monte Alban. Aux environs de 1200, la civilisation Mixtèque s’est imposée avant de souffrir à son tour les tentatives de domination de la part des Aztèques au XVème siècle et au début du XVIème.

A partir de 1520, les Espagnols conquièrent la région de Oaxaca en profitant des conflits entre les différentes ethnies. Les peuples de la Sierra (Zapotèques et Mixes principalement) opposent le plus de résistance. D’un autre côté, les populations autochtones sont décimées par des maladies comme la vérole. Dans la région Mixtèque (Ouest de Oaxaca), elle passe de 700 000 au moment de la Conquête à 25 000 en 1700.

Durant l’époque coloniale, de nouvelles structures gouvernementales et modèles culturels se sont formés au sein des groupes indigènes, produit d’un mélange entre les formes pré-hispaniques et coloniales. Ces cultures sauront faire preuve d’une grande versatilité pour s’approprier et s’adapter aux changements des cinq derniers siècles. Le manque de définition des limites territoriales formelles entre les innombrables communautés autochtones depuis cette époque reste l’une des principales sources de conflits agraires jusqu’à ce jour.