La historia de los grupos indígenas de Oaxaca se remonta a unos 10.000 años a.C., con la llegada de primeros grupos nómadas a los Valles Centrales de Oaxaca. Los indicios más antiguos que documentan la domesticación del maíz en el valle de Oaxaca datan del año 5000 a.C. y los del frijol, entre 4000 y 3000 a.C. Con estos cultivos se dio la transición definitiva de la vida nómada y seminómada a la sedentaria.

Dos grandes civilizaciones marcaron la historia precolombina de Oaxaca. La civilización zapoteca floreció a partir del año 300 a.C. con base en el área de Monte Albán. Alrededor de 1200, la civilización mixteca se impuso antes de tener que enfrentarse a los intentos de dominación por parte de los Aztecas en el siglo XV y principios del siglo XVI.

A partir de 1520, los españoles conquistaron la región de Oaxaca aprovechando las enemistades locales. Los pueblos de las Sierras (Zapotecos y Mixes principalmente) opusieron mayor resistencia. Por otro lado, las poblaciones indígenas fueron diezmadas por enfermedades como la viruela. En la región mixteca (oeste de Oaxaca), la población autóctona pasó de 700 000 en el momento de la conquista a 25 000 en 1700.

Durante la época colonial se conformaron las estructuras gubernamentales y los patrones culturales que prevalecen en los grupos indígenas, producto de una mezcla entre los de origen prehispánico y los coloniales. Estas culturas, a su vez, han mostrado una gran versatilidad para apropiarse y adecuarse a los cambios de los últimos cinco siglos. La indefinición de límites territoriales formales entre las innumerables comunidades indígenas en el estado en esa época sigue siendo una de las fuentes de la conflictividad agraria actual.