Después de la masacre del 22 de diciembre de 1997, las autoridades detuvieron a 96 personas, incluyendo a 11 ex funcionarios públicos. A casi un año de los hechos, todos se encuentran en prisión en espera del juicio. Entre otros se dictó auto de formal prisión en contra del presidente municipal priísta de Chenalhó, Jacinto Arias Cruz, acusado de brindar armas y protección a los ejecutores. Los cargos imputados a los ex funcionarios son la transportación de armas de fuego de uso exclusivo del ejército, lesiones y homicidio calificado por omisión.

El Fiscal además acusó sistemáticamente a los procesados del delito de «asociación delictuosa» (lo más cercano penalmente a su consideración como presuntos paramilitares); sin embargo, los jueces encargados sólo han mantenido esta calificación a tres personas, aunque el Ministerio Público ha apelado el auto de libertad por ese delito en 38 casos. Empero, parece poco probable que unas 90 personas ejecutaron a 45 personas por una concurrencia azarosa de aquellas en este lugar y horas.

Los familiares de los procesados hicieron plantones en la capital del estado para pedir la libertad de sus presos, hasta el momento sin resultado. El actual alcalde de Chenalhó, Pedro Mariano Arías Pérez, nos comentó en julio al respecto: «La mayoría son inocentes. No confiamos en la investigación de la Procuraduría General de la República». Por otro lado las Abejas identificaron al menos 100 presuntos paramilitares que aún están libres. En una conversación mantenida con el responsable de la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) en Chiapas, Lic. Luis Jiménez Bueno, él nos comentó que existen más órdenes de aprehensión contra presuntos autores materiales las cuales, «por no agravar más la tensa situación en el municipio» aún están pendientes de ejecutar, anormalidad con la que este responsable se mostró comprensivo .

En julio los familiares de las víctimas aceptaron una indemnización de 35 mil pesos por familiar muerto y entre 10 y 25 mil pesos para los heridos de acuerdo con su gravedad. Empero, para las Abejas la cantidad de esta indemnización es irrelevante: «No nos devuelve a nuestros muertos y no va a cambiar nuestras vidas».

A mediados de diciembre se informó de una medida interna de inhabilitación administrativa a 11 funcionarios públicos. Eso significa que los funcionarios no podrán desempañar cargo público alguno entre cinco y diez años. Recordemos que en los primeros meses después de la matanza hubo renuncias y, en otros casos, huidas de empleados públicos por la existencia de ordenes de aprensión en su contra. Por ello, no es de extrañar el comentario del responsable de la CNDH en Chiapas cuando nos dijo que están en marcha órdenes de aprehensión de funcionarios de alto nivel pero que no se hacían públicos los nombres con el fin de evitar su huida de la Justicia.

En cuanto a la explicación de los hechos, se siguen enfrentando dos versiones. Para algunas organizaciones mexicanas de derechos humanos, las líneas de investigación ministerial parten de la premisa de considerar los hechos aisladamente; así se pierde la verdadera dimensión político-penal que supondría valorar la masacre como un acto de genocidio o terrorismo de Estado. La versión oficial va en el sentido de que se trataría del resultado de un conflicto intrafamiliar o interreligioso que eximiría de responsabilidad al gobierno federal y estatal. Según dijo el 20 de diciembre el procurador general de la República, Jorge Madrazo Cuéllar, a publicar su informe ‘Libro blanco sobre Acteal’: ‘… La otra gran causa es la creación de un órgano absolutamente anti-constitucional, que es el consejo autónomo de Polhó.. y la inexistencia del estado de derecho en el municipio de Chenalhó». Añadió además que pudo afirmar «que si el Ejército mexicano hubiera tenido presencia el 22 de diciembre de 1997 en Acteal, esos hechos n nca se hubieran presentado». El vicario de Justicia y Paz de la diócesis de San Cristóbal de Las Casas, Gonzalo Ituarte, criticó las conclusiones de la PGR. Señaló entre otros que las fuerzas armadas estaban presente a centenares de metros de la masacre y que además, acusar a los zapatistas de ser la causa de la masacre, es hablar sobre «las causas indirectas», olvidando la presencia y actitud de los paramilitares como «causa directa».